由于被禁止组织自己的政党，在1987年埃及大选中，穆斯林兄弟会与世俗政党结成联盟，以获得政治上的发言权。打着“解决方法在与伊斯兰”的口号，在这次选举中，穆斯林兄弟会在工党的旗帜下站稳了脚跟，获得了17%的选票。但穆巴拉克认定穆斯林兄弟会属于伊斯兰敌对破坏势力，决定利用新颁布的“反恐怖”法，关押该组织领导成员。同样，在2000年大选之前，政府又逮捕了数十名穆斯林兄弟会成员及其他伊斯兰分子，以阻止他们参选，或组织竞选活动。
但无论如何，伊斯兰复兴已不再是一种微不足道的现象，它不仅在埃及广大贫困人口中间大行其道，也开始向中产阶级和上流社会渗透。各种伊斯兰学校遍布全国，为民众提供了另一套学校、诊所、医院和福利体系。伊斯兰的价值观、行为准则和服饰融入主流社会，对政府、法院和各行各业都起着主导作用。曾经以文化多元、面向世界并具有世俗特性而著称的埃及，已经正本清源，回归了伊斯兰属性。开罗，著名的“千塔之城”，到了2004年，已经拥有5000多座清真寺，呼唤着信徒们前去礼拜。
因此，虽然今天穆斯林兄弟会再次被埃及军方势力镇压，但穆兄会已不是几十年前的穆兄会，埃及局势的发展，依然难以判定。
