空空导弹
苏-35战斗机携带空空导弹时，可以根据作战需要选择不同的挂载组合方案，分别为8枚R一27ER1导弹、4枚R-27ET1或R-27EPl、6枚R-73近距格斗导弹、12枚RVV-AE中距空空导弹。值得注意的是，苏霍伊设计局在最新的宣传资料上，提到了一种K-100-1型远距空空导弹。K-100是上个世纪90年代俄罗斯研制的一种远程空空导弹，中途曾一度被废弃，这次作为今后安装在苏.35战斗机上的“高端”空空导弹再次亮相，引起广大读者关注。据称，K-100的有效射程达到230公里，K-100-1为K.100的改进型，这种导弹可以在防区外攻击预警机、对地监视飞机和空中加油机，是一种颇具攻击性的武器。
俄罗斯在2006年中国珠海航展上展出了苏-35，并有意向外推销这种战斗机，作为苏-35的配套武器，K-100-1也极有可能进入它国空军。如果这种级别的武器真的出现在了俄罗斯或其他国家手里，西方的空中优势将受到严峻考验。它将影响西方正在研制的先进空空导弹设计，如“流星”空空导弹等，并促使西方加速超视距空空导弹的研制步伐。
空地导弹
苏-35战斗机携带的空对地导弹有很多类型，可在昼夜复杂气象条件下实施对地攻击，大大提高了防区外精确打击能力。其中挂载方案包括，6枚Kh-29TE或Kh-29L战术导弹，6枚Kh-31A反舰导弹和Kh-31P反辐射导弹，5枚先进的Kh-59MK远距反舰导弹，5枚Kh-58UShE增程型反辐射导弹，3枚“俱乐部”（Club)远距反舰导弹和1枚“宝石”（Yakhont)超远程反舰导弹。
特别值得一提的是，Kh-59MK导弹是在Kh-59M电视制导导弹基础上发展的，改用36MT型弹用涡扇发动机，射程达到285公里。弹长5.7米，重930公斤，采用320公斤的侵彻式战斗部，通过采用主动雷达制导，扩大了攻击目标的种类，对于巡洋舰的发现距离为25公里，对于一般舰艇的发现距离为15公里。
