刚刚投入“驼峰”航线空运时，C-46飞机经常因机翼结冰、发动机熄火而坠毁。该机本来是用于执行低海拔地区物资运输任务，现在必须在高原飞行，发生事故的概率自然就高了。印度机场潮湿炎热的环境，和飞机高空飞行时遇到的寒冷干燥环境反差巨大，以至于C-46飞机即使在地面检查时一切正常，可到了空中，部件就一个接一个出问题了。“驼峰”空运期间，C-46飞机很多时候都是带故障飞行的。损失如此巨大，以至于一段时间内，“驼峰”空运总队不得不停飞C-46飞机，寻找改进办法。
抗日战争结束后，美国曾使用大批C-46飞机援助国民党空军向我国东北地区空运部队。也正是在这一时期，有18架C-46飞机通过起义或被缴获等途径先后加入中国人民解放军序列，成为人民空军建立初期的重要力量。
新中国成立后，C-46飞机发挥了十分重要的作用。
1949年10月1日，人民空军空运队的3架C-46飞机参加了开国大典的阅兵式。
50年代初，人民解放军进军西藏，年轻的人民空军飞行员驾驶着C-46飞机飞上西藏高原，为地面部队空投补给物资，在世界屋脊上开辟了一条空中运输线。1950年4月15日，谢派芬、李嘉谊驾驶C-46飞机，穿越康定山口，打开了通向西藏“天险”大门;5月7日，王洪智、李嘉谊驾驶C-46飞机，穿越折多山口;9月10日，徐骏英、易扬启等试航德格空投成功;12月14日，刘耀宗、易扬启等试航八安成功。1952年6月7日，李向民、胡明涛驾驶C-46飞机试航太昭空投成功，开通了飞向拉萨的最后一段航程。他们为支援人民解放军陆军进军西藏做出了不可磨灭的贡献。
1982年，C-46飞机全部光荣退役，现有3架收藏于中国航空博物馆。他们因经历过重要战役的洗礼，被列为国家级文物。当年美军的“驼峰”飞行员有的从国外来到中国航空博物馆，站在这些C-46飞机面前，回忆他们往日的战斗经历。
