战斗持续约30分钟，越南海军遭中国海军沉重打击，越南海军三艘军舰全部被击沉(604号运输舰中弹爆炸沉没，605号运输舰遭重创后搁浅沉没，登陆舰505号受重伤于返航中沉没。)越军死亡、失踪77人，被俘300余人。中国海军数人受伤，舰船无一损失。
10时50分，赤瓜礁上的全体官兵押着俘虏撤回舰上。
战后尾声
中国在此次战斗发生以前，虽然一直宣称拥有南沙群岛的主权，但实际上并没有有效控制其中任何一个岛屿、珊瑚礁或沙洲。二十世纪七十年代以后，中国南海周边国家纷纷进入南沙群岛，单方面划定疆域，并借助外资进行资源开发。在本次海战以后，中国收复南沙群岛的永暑礁、华阳礁、东门礁、南薰礁、渚碧礁、赤瓜礁共6个岛礁，填补了中国对南沙群岛实际控制的空白点。
此次海战结束后，为防止越军可能利用空中力量进行报复，海上编队指挥员陈伟文命令各舰尤其是装备新型防空导弹的531号舰加强防空作战准备，而越军迫于中国海军的压倒性优势，并未有任何反击措施。参战舰艇顺利驶返海南岛基地休整，当晚中央军委通令嘉奖，对海上舰艇编队坚持自卫原则、严守战场纪律、打出了国威军威进行褒奖。
此战之后，南沙海域的越军舰船莫不闻风而逃，赤瓜礁海战胜利的震慑力可见一斑，自此之后，永暑礁海洋观测站建站工程再无干扰，于1988年8月顺利完成。
海战结束不久，我国七届人大正式宣布了建立海南省的决定，并且明确指出：西沙、南沙及其附近海域的管辖权归海南省。1988年4月21日，外交部再一次重申：西沙群岛和南沙群岛自古以来就是领土，历来在中国广东省政府的管辖之下。现将这两个群岛划归新设立的海南省管辖，完全是中国的内部事务，当局根本无权干涉。
当年4月，越南又以救助活动为名派遣军舰占领南沙群岛鬼喊礁、大现礁、六门礁、无乜礁、南华礁、东礁，并在各礁进行军事建设，并乘机占领舶兰礁、奈罗礁。6月，越南派出150名工人开赴其占领的中国南威岛修筑永久性设施。
