从金田起义到永安建国，中间经过八个月的苦战，领导班子的情况有了变化。由于战争频繁，军事第一，能够掌握群众的本地实力派杨秀清，萧朝贵地位上升，来自广东的洪秀全，冯云山地位下降。为了确保洪秀全的教主地位，冯云山作了让步，退居四把手，而让杨、萧上升为二、三把手，并由杨总揽军政大权。
太平军入南京，洪秀全一头钻进深宫，安享富贵，不坐朝，不见人，连一个国君的基本动作也不做。因此，清方情报专书《贼情汇纂》中说：洪秀全实无其人，喜庆节日大殿上所坐的只是一个木偶。
在冯云山支撑大局的时代，洪秀全是偶像。到了杨秀清掌握大权的时代，洪秀全更下降成为木偶。飞扬跋扈的杨秀清看透了洪秀全的无能，只把洪秀全作为一个木偶，一个道具对待，丝毫不加尊重，甚至假借天父下凡的名义指责洪秀全的短处，要打屁股，经百官求告，始予“赦免”。洪对杨积怨已深，又不甘心长期充当木偶，所以在1856年夏，暗中联络了一批对杨不满的人，采取突然袭击的手段，杀了杨的全家，并且株连二万余人，杀得全城天昏地暗。
今人一再把洪秀全奉为农民起义的领袖，奉为中国历史上规模最大的一次农民起义的领袖。那么，就请看看洪秀全自己是如何看待农民起义的。1844—1845年，冯云山正在努力开辟农民起义的根据地，洪秀全则在广东老家教书，写作诗文。其中有一篇《百正歌》，劝人崇正辟邪，去恶从善：歌中直指黄巢、李闯等人为邪恶。
