刘锡彤获得口供后，于十月十二日黎明传审杨乃武，但杨乃武是新科举人，要革去举才能讯审。刘立马逐级上报，但未等到批文回复，就传讯杨乃武到花厅审讯。杨乃武性格桀骜，哪里会承认，杨说十月初五在南乡岳父詹耀昌家不在余杭，如何给小白菜毒药，还以举人身份藐视刘锡彤。刘动火，用夹棍、火砖重刑杨乃武招供。刘锡彤自认案情已明，遂向杭州知府陈鲁作了禀报。刘锡彤移送案宗时将死者“口鼻流血”改成“七孔流血”，将小白菜供的十月初五改成十月初三。
时隔几日，革去杨乃武举人的报告被同治皇帝批准。十月二十日，杨乃武、小白菜押解杭城，陈鲁在审讯一开始就严刑拷打，夹棍之下杨乃武几度昏死，出于本能被逼认罪。当追问砒霜来源时，他记起杭州返余杭途经仓前，街上见过有爿药铺，胡乱谎说向钱宝生买了40文红砒的老鼠药。