文物藏品真假不清和来源不明情况普遍存在
参评申报材料和有关调查材料显示，民办博物馆存在博物馆财产与举办者财产分割不清晰的现象，有的民办博物馆把企业营业执照或验资报告、个人申办者把银行存款单作为其设立博物馆的资金来源证明;超过2/3的民办博物馆在理事会管理方面存在明显问题。
文物藏品真假不清和来源不明情况普遍存在。由于藏品主要源于民间，来源是否合法大多只能靠收藏者自证，且收藏渠道没有国有博物馆规范，导致藏品合法来源与真假问题一直困扰着民办博物馆的成长。专家指出，虽然这种现象仅在以文物为藏品的民办博物馆中比较突出，但由于社会关注度高，往往影响到整个民办博物馆的品质和形象。
此外，按照规定，民办博物馆可以开展一定形式的经营业务，但经营剩余收入不能作为利润在成员之间分配，只能用于博物馆所自身的发展。评估报告显示，部分民办博物馆虽然登记为民办非企业单位，但其运营宗旨与非营利性质不符。
针对评估结果，报告提出以下几方面的建议：建立健全民办博物馆准入制度，强化行业管理措施;以评促改，健全内部管理，发挥民办博物馆的公益职能;加大政策扶持力度，促进民办博物馆可持续发展;强化业务指导，着力提高民办博物馆的专业化水平等。
