有关李登辉身世的传言主要有以下两种：一是李登辉是一个日本警察所生，生下来之后再托付给李金龙抚养;二是李登辉是其母与日本人的私生子。美国著名的“台独”问题研究专家阿修伯就说过，“你看李金龙160厘米的小个子怎么生得出180厘米的李登辉?不但父子身材悬殊，面貌也一点不像，个中原委实在值得探究。”
2004年9月，李登辉参拜了靖国神社，理由是：他的哥哥李登钦就被供奉在靖国神社内。据统计，日本殖民统治台湾时期，共有三万名台湾人被日本征召后战死海外，约2.8万人被供奉在靖国神社，其中包括李登钦。
李登辉的亲日色彩影响了他当政以后的作为。1988年，他一上台便宣布要加强同日本的关系，此后便一直与日本进行全方位沟通，力图提升“台日实质关系”。他在上台后阐述施政理念时，总是引用日本人的治世名言。
