笔者认为，台日渔业协议的签署是日本在钓鱼岛问题上的有限妥协，日本方面采取的是以退为进的战术，从根本上削弱两岸合作维护钓鱼岛主权的基础。而把钓鱼岛12海里外渔权交给台湾，还有可能为两岸渔民的渔业纠纷埋下隐患，而在这之前在两岸海洋执法部门的保护下，两岸渔民都可以在上述钓鱼岛周边海域进行捕捞作业。
大陆媒体前段时间还报道了中国内地市场上捕获自钓鱼岛的海产品大受欢迎的新闻。笔者认为日本的险恶用心在于，采用一桃杀二士的手段离间挑拨两岸民间矛盾，最终对两岸关系造成伤害。
而在战略上使用舍车保帅的策略，舍弃渔业利益，从而让钓鱼岛的主权纠纷斗争由两岸分别对日，变成中华民族的两岸内斗。透过新闻观察，我们可以看到台湾海巡部门已经有点上套的意思了。
按照台日渔业协议，钓鱼岛12海里线以外的这块渔场只能由台湾渔民使用，日本渔船也不得进入作用。台“海巡署长”王进旺表示，若有包括中国大陆在内的非台籍渔船进入钓鱼岛水域，台方仍会“依法取缔、驱离”。如此公开点名大陆渔船，应该不是在渔业利益本身，而是对前期大陆高调公布钓鱼岛及其附属岛屿领海基线的呛声。
日本甘愿舍弃渔业利益换取与台湾的和解，主要压力还是在美国。因为围绕钓鱼岛问题有两点因素对美国的西太战略不利。一是因为钓鱼岛主权纠纷引发的台日关系紧张，这对美国西太战略同盟体系团结不利。