井上清教授虽非日共党员，但一直是日共的支持和同情者；同样，日共也是井上清教授最坚决的支持团体。不过，这种关系在上世纪六十年代后半期断绝了。因为1966年日共拒绝在中苏论战中一边倒支持中共，从建党以来一直保持良好关系的中共、日共因此分道扬镳。此后日共对中共发动的“文化大革命”一直持坚定的批判态度，而中共的忠实拥趸井上清则坚定站在支持中共一边。
1967年，正值中国的“文革”如火如荼，日本发生了一件“善邻学生会馆事件”。东京有一座叫做“善邻学生会馆”的建筑物，是原来伪满时代的留学生宿舍，战后还是作为中国留学生宿舍在用，一楼则为日中友好协会的办公室。日共和中共交恶之后，日中友协也发生了分裂，而留学生团体基本上站在亲中共的日中友协一边。为了争夺对会馆的使用权，两派大打出手，是为“善邻学生会馆”事件。这次事件中，井上清坚决地站在留学生一边，把日共在这次事件中的表现上纲上线为“和侵略战争时代一样煽动日本青年攻击中国青年”。
那次事件后，井上清教授彻底断绝了和日共的往来。转而和大塚有章合作创办了一所“毛泽东思想学院”，继续政治活动。井上清由此成为中共最坚定的同盟军。1960年，井上清访苏时顺道首次访问中国，接受毛泽东、周恩来等人接见。此后他一共访问中国30余次。
井上清教授在有关中国“文革”问题上所持立场别于日共，或因其专业并不是中国近代史，他对当时中国实际发生的事情并不像日共那样拥有第一手资料，只是按自己的想像和愿望在行事。后来，“文革”的玫瑰色光环被打破，井上清教授不得不面对令人尴尬的现实。1997年，中共与日共两党再次实现了两党关系正常化，井上清教授也和日共恢复了关系。日共机关报《赤旗》上所刊登的支持者名单中，再次出现了井上清教授的名字。
渐被遗忘的老人
1972年井上清在日本举国上下舆论一致的情况下，提出钓鱼岛属于中国，是需要相当大的反潮流勇气的。而井上清教授的着作的确坚实有力，以至于在出版后的40年中，对其提出批判的只有奥原敏雄和原田禹雄两人。其余的日本人都是要么装作不知道有过对钓鱼岛归属问题研究得如此之深刻的一位井上教授，要么干脆闷声大发财。
