井上清以钓鱼岛归属问题的研究而闻名于世，不过他的专业其实是日本近代史，主要研究对象本应是天皇制和日本的部落民问题。但对于钓鱼岛问题的关注，却不能仅仅归因于一个“偶然发现”引发的意外课题，它也和井上教授一生的政治理念和追求有关。
从战前开始，井上清教授实际上在用马克思主义研究日本近代史，被称为“讲座派”成员。
马克思主义传到日本的时间比传到中国要早很多，《共产党宣言》的日文译本就比中文译本要早16年，所以马克思主义在日本一直有很大影响。即使在战时，号称是“天皇的官吏养成所”的东京帝国大学也没有禁止过马克思主义的研究，而在东京帝国大学的学生中读马克思的着作更是一种时髦。
马克思主义在战前日本的影响力，甚至影响到军界。在战后被判决为甲级战犯的星野直树、贺屋兴宣以及因为甲级战犯嫌疑而被抓进过巢鸭监狱的岸信介、鲇川义介等人，都对《资本论》十分熟悉。就连甲级战犯中佐藤贤了这样先后毕业于陆军士官学校和陆军大学校的赳赳武夫，也在回忆录中也说，他从陆军士官学校毕业之后买的第一本书就是《资本论》。
随着战后民主化浪潮，马克思主义在日本就成流行。实际上，战前马克思主义主要是应用在经济学研究，战后才扩展到了社会学和组织学范畴，而井上清教授在日本是用马克思主义研究历史的第一人。井上清教授使用马克思主义来研究历史不光是赶时髦，他是从日本军国主义化的历史和其对亚洲及日本人民造成的深重灾难中得出“日本帝国主义是万恶之源”这个结论的，他认为有良知的日本知识分子就应该尽一切努力来阻止日本帝国主义的复活。
由此动机，井上清在战后的研究对象就转到了天皇制和天皇的战争责任问题，以及日本军队和军部以及“部落民”等与日本军国主义直接相关的问题，并认为不解决日本社会中的一些根本性矛盾就永远无法根除日本帝国主义复兴的可能。
对外关系上，井上清一直主张对华友好。他认为只有一个强大而爱好和平的中国才是遏制日本帝国主义复活的重要因素。他甚至为此成为极端的亲中派。
