今天，中国在陈述钓鱼岛主权问题时所使用的证据和历史事实，无论是官方说法还是各种学术研究着作，不但来自日本方面的有力证据全部来自井上清，甚至引自中国古籍上的说法，也多半来自井上清的发现整理。
关于钓鱼岛的中国主权归属问题，井上教授不但是第一个专门的研究学者，甚至有可能只有他才如此认真深入地研究过这个问题。所以，在1997年，中国社会科学院授予井上清教授名誉博士学位。
不能不称其为“遗憾”的是，近些年来，有不少大陆新出版的钓鱼岛学术论着，全盘借用了井上清费尽心力从日方史料和档案中找到的证据，却假装世界上从来没有“井上清”这个人的存在。它造成的结果是：在中国相关学界，人人皆知井上清，但中国大众却几乎没有几个人知道井上清。
2001年11月，88岁的井上清去世。
2002年12月，井上夫人井上初江为履行井上遗愿，将井上清生前精选的日本自明治维新以来珍贵学术着作和史料计18000余册全部转赠中国社科院。这批图书一共装满440箱，从天津港运抵社科院图书馆时，用了4台卡车。
