1947年3月10日开审的战犯法庭上，控方根据登记所得，指控日军屠杀了5000以上的华人。但咨询局及华人团体都认为不止此数，由于“全家遭难或遇难者原属单身，或大人遇难只余童稚，均无从填报，或认为无甚用处，不欲填报”，实际遇害人数要比登记数目大得多。柔佛州苏丹医生班德拉博士在递交给远东军事法庭的书面证词中就断言：“我相信，在新加坡除去军人外，有15万以上的亚洲人被日本警察秘密处死或拷打致死。”
1946年，山下奉文被马尼拉特别军事法庭处以死刑;马来亚战俘收容所司令官，参与“肃清”的福莱中将在樟宜海滩被枪决;1947年，7名参与新加坡大屠杀的日本战犯受审。最后，河村三郎中将和大石正行中佐两名战犯被处绞刑，西村琢磨中将、大西觉少佐等5名战犯被判无期徒刑。
新加坡独立后，当地的华侨曾强烈要求日本对“肃清大屠杀”进行道歉和赔偿，但最后只拿出5000万美元作为赔偿，官方仍然拒绝道歉。
新加坡“肃清大屠杀”是太平洋战争中规模最大的屠杀平民事件，它与马尼拉惨案和南京大屠杀一起被列为二战日军屠杀平民的三大惨案。1967年2月15日，日本占领时期死难人民纪念碑正式落成。每年的2月15日，即日军占领新加坡的那一天，成千上万的新加坡人都会来到纪念碑公园，焚香烧烛，祭奠亡灵。
菲律宾战败是骄傲的麦克阿瑟一生的耻辱，而本间雅晴在攻克克雷吉多要塞后所下达的命令就是在麦克阿瑟的伤口上撒的一把盐。这道命令在战后的回忆录里有很多种不同的版本，大致的意思是：和我军在巴丹半岛对抗的任何部队，不管是否投降，都应该被彻底消灭，任何不能走到集中营的美军战俘，在行军途中都必须在离公路两百米以外的地方处死。于是，15000名美军战俘成为菲律宾丛林里的冤魂。
巴丹死亡行军的起点是马里韦莱斯以东2英里，终点是62英里外的奥唐奈集中营。78000名美菲战俘徒步踏上了这条死亡之路。62英里的行军途中，日内瓦公约是不存在的，除了出发时给予的少许食物外(根据幸存者表示，仅给一次高尔夫球大小的米饭)，一路上不许战俘再有任何饮食，凡是企图找寻饮水与食物者，即被日军以刺刀或开枪处决。即便有若干侥幸者躲过日军眼线而偷喝到几口河水，也因河水已严重遭受污染，最后引发严重的腹泻、呕吐而死。沿路上因饥渴及遭日军刺死、枪杀者达15000人之多。
抵达战俘营后也并不意味着就摆脱了死亡，日军也在营地内虐待战俘，两个月内又死去了26000人。
