2月18日，残酷的大“肃清”开始了。日军对新加坡市区进行划区封锁，强令各区华侨，不分男女老幼，携带一周粮食，前往7个集中地接受甄别。不到3天，7个集中地的学校、工厂、住宅、街道都挤满了华人。白天烈日曝晒，夜晚寒风侵肌，华人在死亡的恐怖中，心惊胆战地等待着审查。仅仅几天，就有一百多人被挤死，闷死。
尽管有《抗日华侨名册》(新加坡的日本侨民和柔佛州警方有关人员提供)和汉奸的协助，但要在短短三天内，从七八十万华侨中甄别出五六万名“抗日分子”，那是绝对不可能的。整个甄别过程实际上充满了“儿戏”--只盘问职业者有之;以貌取人者有之;抽签抓阄者有之--总之，是生是杀，完全随“皇军”意志支配。
日本陆军中鼎鼎大名的战争狂人政信当时正担任马来方面作战处主任参谋，他也是“肃清大屠杀”的主要推动者。2月22日，政信巡视了负责惹兰勿杀地段“肃清”工作的日军部队。在听说大西觉的分队只甄别出了70人后，政信大为光火，严厉斥责道：“你还在磨蹭什么?我是要全新加坡一半人(的命)!”这一句话便让大西觉的分队一口气抓了几千人，塞满了几十辆汽车，风景宜人的樟宜海滨遂成屠场。
海南华侨是被重点搜杀的对象，因而遇难的比例特别高，1947年4月《新加坡大“肃清”案战犯审讯记》曾有这样的记述：“芽笼区则为日军施虐最残酷惨毒之地区也。华侨居民不问男女老幼，均被驱步行往直落占老之英校草场，忍饥耐渴，曝日露宿。凡二日，妇孺乃得释回。男子蹲踞草场，任曝骄阳，稍一动弹，拳足交加，甚或驱上罗厘(货车)，每车三五十人不等，一去不返。及至22日，凡经检出之教员及识字者、公务人员、义勇军、南来不及五年者、有五万以上资产者及海南人等，均被载往锡叻七里半处屠杀，为数之众，为各区之冠”。
“肃清大屠杀”中，究竟有多少华人被残杀?
1945年9月，英国随军记者博比·杰克逊认为人数达到5万。同月11日，《星洲日报·总汇报》引用日本占领马来亚时期出版的《彼南日报》提供的数字，说“新加坡检举不良分子7万余人”。日本历史学家永三郎在他的《太平洋战争》一书中，引用了1942年出版的《朝日东亚年报》提供的资料，也说新加坡被甄别出的华侨有7万名。
