面临蒙古人的威胁，摩诃末算端把他的军队分布在锡尔河、费尔于纳要隘和河中各城的这条防线，因此在总的人数上他虽然占优势，而到处兵力都感缺少。成吉思汗从讹答剌方面攻破锡尔河防线。由他两子察合台和窝阔台统率的一军，由畏吾儿国王巴而术协助，留在这里(指讹答剌--译者)，在包围了很久之后才攻取这个地方，因为蒙古人攻取坚城，在开始时候，方法很笨拙，我们已经在他们出兵中国之初看到了这一点，在这里也有这种情形。第二支蒙古军在成吉思汗长子拙赤指挥之下，从锡尔河两岸下趋，攻占了昔格纳黑和毡的。另一支五千蒙古兵的部队，上趋向锡尔河上游，攻取别纳客忒并进围费尔干纳的都城忽毡，这座城的花剌子模总督是英勇的帖木儿灭里(“铁王”之意)他于坚强抵御之后，沿河下趋出走。最后是成吉思汗自己和他的少子拖雷带着大军直向不花拉进军，于1220年的4月到达。
防守不花拉的花剌子模士卒皆是雇佣的突厥人，这些人欲突破一个缺口而逃，但结果只是使自己溃散。居民看到军队试行逃走，为之气沮，于是开城迎降于蒙古人，额梯儿说，这是在2月10日，但据术兹查尼则说，是在16日。有突厥骑兵四百人，退守内堡，蒙古兵缘梯而登攻破之，守兵全部被杀。该城居民被迫献出全部财产并且受到种种迫害。但是蒙古人只对意欲反抗的居民使用有系统的屠杀，尤其是若干教长。杀死这些教会人物，被说成是成吉思汗意在迫害伊斯兰教。然而与其残暴本性不相符合，蒙古人不可能理解宗教战争，首先由于他们缺乏这种认识，其次因为他们以为一切宗教的代表人物都可能和他们自己的珊蛮一样，掌握某些魔术力量，因而对他们有迷信的敬仰。志费尼的富有戏剧性的记述，对我们说，成古思汗召集所有伊斯兰教徒至于不花拉的大礼拜寺，用一种意义不明的演说恐吓他们，自称是上帝派来责罚他们的人，巴托尔德认为这是过于传奇化，的确是这样。况且这位蒙古征服者很有政治头脑，绝不至以宗教问题恐吓伊斯兰教社会，他在蒙古和中国所采取的态度是善于利用腾格里或天来制造人们的幻想，允许我们推测他在必要时候还要同样利用阿拉。这里有更严重的情形，就是在劫掠之中，发生了火灾，结果焚毁了该城的一部分。成吉思汗向撒麻耳干进军。在这座都城的外面，他和他的两个儿子察合台和窝阔合会师，他们刚刚取得了讹答剌，来到这里。撒麻尔干的突厥守兵是新近招募而来的佣兵，对于花剌子模的算端，缺乏效忠的坚定意志，没有作任何抵抗;所有这些突厥佣兵只有一种思想：被编入成吉思汗的大军。成吉思汗伪装应允，然而守兵投降之后，他出共不意地将他们残杀。这种举动当然是背信。实际上，这位征服者把佣兵的投降认做是他们对自己主人，花剌子模算端的背叛。我们知道他对于这一类事件的观念，他利用了佣兵们的卑怯，但是对他们只有鄙视，并且认为将不忠于其主的部下处死是合乎道义的。至于撒麻耳干的居民(他们的大部分还是伊兰人)，他们抵抗得较好。至少是他们很勇敢地组织了一场突围，然而这些工匠们敌不过草原的骑士，他们被击溃了。志费尼说，撒麻耳干城于被攻五日之后投降，术兹查尼说于十日之后投降，术兹查尼以为这是在穆哈兰月(Mouharram)10日，即1220年的3月17H。和不花拉的情形相反，宗教的权威人士，伊斯兰教的先知和法官等没有表示抗拒，蒙古人结果赦免了他们，这可以充分证明蒙古人并没有存心敌视伊斯兰教教会。
蒙古人占领在现今基瓦附近的花剌子模本土的都城乌尔犍赤，比较困难得多。成吉思汗不得不派遣他的三个儿子拙赤、察合台和窝阔台都到那里去，同时还派了博尔术、脱栾扯儿必、兀孙那颜和合答安。在艰苦围攻之中，拙赤显出是一个凡庸的领袖。他和察合台又开始作对，察合台斥责他遇事没有决断，六个月之后，成吉思汗为了终止他们的争吵和成立统一的领导，不得不命令他们两人都听从窝阔台的指挥，窝阔台于是更具有预定为继位人的形像。“窝阔台和婉地使他的两兄言归于好，严肃地使蒙古军队的纪律树立。”于是他对乌尔犍赤实行总攻击，依照涅塞维的大事年表，乌尔犍赤大约在1221年的4月被攻下。居民除有工匠的资格者外一概被屠杀，工匠被发送往蒙古。拙赤在围攻时候所表现的软弱，据涅塞维所说，或者是因为他知道这个地方是在他的未来封地之内，所以想拯救这座城市。(参阅后“注释和参考”)《秘史》和《拉施特书》不同，没有说到拙赤和察合台的意见龃龉，以及他们结果都归窝阔台指挥的事，但是他告诉我们，兀笼格赤(玉龙杰赤，等于乌尔犍赤)城破之后，三个王子分取该城人口，没有留下他们的父亲的一份。等到他们回到他们父亲那里时候。
