在1927年3月后的一年多时间内，东北海军屡次南下袭扰苏、浙、闽三省口岸。战斗规模虽不大，取得的成果也微不足道，但对闽系海军造成了相当大的压力，尤其是海军航空兵的登台亮相给闽系海军以极大的威胁。闽系海军只得龟缩于长江之内，制海权尽为东北海军掌握。北伐军难以利用海运，海上交通线完全被隔断。
与苏舰交战中败北
1929年，张学良为收回中东路，驱逐了苏联驻中东路的工作人员。当时局势紧张，战争一触即发，沈鸿烈指挥东北海军准备迎战。
1929年10月12日晨，驻守在同江地区的东北海军江防舰队遭到苏军黑龙江舰队和陆、空军优势兵力的攻击。参战的苏联军舰有5艘，另外还有4条武装轮船配合作战。苏军共有152毫米大炮4门，120毫米大炮18门，并有飞机10余架助战。中国江防舰队有8艘江防炮舰，即“江亨”、“江泰”、“江平”、“江安”、“江通”、“利绥”、“利捷”、“利济”号，另有一艘武装驳船“东乙”号。“江亨”舰为550吨，“利济”舰为360吨，其余均在200吨以下。舰只吨位小，120毫米的舰炮只有5门，又没有空军支援，实力远逊于苏军。
战斗从凌晨五时半开始，苏军舰炮发射炮弹2400多发，使中国军舰和岸防工事遭到严重损坏。“利捷”号中弹沉没，“江泰”号被炸毁，代理舰长莫耀明阵亡，“利绥”号受重伤后撤往富锦。在作战中，“东乙”驳船上的120毫米大炮因发炮太多，炮膛炸裂后放水自沉。“江安”号锅炉中弹爆炸沉入江中。“江平”号也中弹起火。中国各舰尽最大努力投入作战，共发炮约600发。苏联舰船有3艘中弹沉没，2架飞机被击落，苏军舰队司令及4名军官中弹身亡。
中国军舰被摧毁后，苏军飞机和舰船又集中火力掩护步兵400多人在三江口地区登陆，并对中国阵地发起冲击。驻防该地的东北海军陆战队第一大队和陆军1个营协同抵抗，击退了苏军首次进攻。苏军调来援兵近3000人，绕到下游10余里处，迂回袭击守军侧翼。苏军冲入守军阵地后，双方进行白刃格斗，守军大部分战死，阵地被苏军占领。
中东路事件中，江防舰队完全不是苏军的对手，损失惨重。但舰队官兵在与强敌交手时表现出来大无畏的牺牲精神，让后人叹服!
东北江防舰队成伪满洲国江上军
中东路事件后，东北重建江防舰队。但这些舰艇在“九一八”事变后，全部落入日寇手中，大部分官兵投敌，成为伪满洲国江上军，但仍有一百多名官兵上岸，走上了反抗日本侵略者的道路。
远在青岛的第一、第二舰队，因远离东北，并未落入日寇之手。但在1932年，由于内部斗争，“海圻”号、“海琛”号、“肇和”号南下投靠闽系的广东舰队，曾经盛极一时的东北海军就此走向没落。
抗日战争全面爆发后，东北海军的军舰由于不适合现代战争，基本自沉于长江口岸，用来阻塞航道，也算是东北海军对抗战所做的一点儿贡献吧!
