《明史》中记载：“先是，宪宗居东宫，万贵妃已擅宠。后既立，摘其过，杖之。帝怒，下诏曰：‘先帝为朕简求贤淑，已定王氏，育于别宫待期。太监牛玉辄以选退吴氏于太后前复选。册立礼成之后，朕见举动轻佻，礼度率略，德不称位，因察其实，始知非预立者。用是不得已，请命太后，废吴氏别宫。’”也就是说，万贞儿擅宠之后，醋意大发的吴皇后凭借优越的地位和超凡的自信指责万贞儿的过错，并亲手杖打了万贞儿，结果引起宪宗大怒。宪宗一怒之下下诏“废后”，并将吴皇后打入冷宫。
《明史》里面对这件事是这样评价的：“宪宗年十六即位，妃已三十有五，机警，善迎帝意，遂谗废皇后吴氏。”一“迎”一“馋”，说明万贞儿心计颇深。也就是说，她凭借宪宗的宠爱，趁机大讲吴皇后的坏话，并提议废后，宪宗一“怒”一“疼”，竟从其言。
时至今日，由于史料有限，且无第三人在场，历史事实中的万贞儿究竟有没有这么做，已无从可考，但可以证实的是，万贞儿并没有在宪宗面前为吴皇后说情，这也是为什么《明史》会把“废后”这笔帐算在她头上的一个佐证。之后上台的王皇后对她已是忌惮三分，只能忍气吞声。
《明史》还记载：万贵妃“母以子贵”的梦想破灭之后，为了达到“擅宠”的目的，开始千方百计迫害未出生的皇子，通过买通太监给怀孕的妃嫔灌药，导致“饮药伤坠者无数”。所幸的是，一个跟万贞儿长得很相似的宫女纪春红怀孕之后，太监张敏感叹宪宗无子，动了恻隐之心，私自将堕胎药量减半，竟保住了孩子，即为孝宗。
《明史》中也有记载：“孝宗之生，顶寸许无发，或曰药所中也。”从这件事来看，这个女人心计太重、心机太深。因为她知道宪宗知情，也知道宪宗不会把她怎么样，因为她是宪宗最需要的女人。
三：万贞儿高超的房中御夫术。
