当“北虏”威逼京师之际，明帝国的财赋重地东南沿海一带的倭寇之患也日趋严峻。倭寇之患明初即有，到了嘉靖朝，尤其是嘉靖中后期也即严嵩掌权时期，倭患最为酷烈。
嘉靖时期倭寇的猖獗是与当时的国内外形势和明政府的政策分不开的。明中叶以来，国际间的贸易日趋发达，中国与日本、南洋诸国及葡萄牙等西方国家间的贸易来往日趋密切。发达的海外贸易带来了丰厚的利润，东南沿海一带的居民投身其中，倚为生计，成为一股不可抗拒的潮流。
然而，明初以来，政府一直实行海禁政策，不许民众私自出海贸易，沿海民众只能偷偷摸摸地出海，并逐渐形成了一些海上武装集团，与日本的一些海商、浪人等勾结在一起，以武力为后盾，亦商亦寇，在东南沿海一带从事贸易活动，并不时进行剽掠。沿海居民，尤其是一些豪门大族常参与其间。嘉靖初年，因日本争贡事件，朝廷裁撤了浙江、福建二市舶司，实行更为严厉的海禁政策。夏言任首辅期间，任用朱纨总督闽浙剿倭事宜。朱纨执法过严，斩杀过滥，激化了矛盾，引起了浙闽豪门巨室及其朝中代理人的激烈反对，最后被迫自杀。于是，倭寇的活动更加猖獗。
严嵩对倭寇的认识较为清醒，他认为倭寇是由于浙江、福建沿海居民下海通番谋利所致。其中只有很少一部分是真正的倭寇，而大部分是东南沿海的普通居民。因而他主张宽海禁。海禁一开，沿海居民可以合法地进行海外贸易，获取利益，就不会为乱了。很多以前的“海寇”也就转变为“海商”了。另一方面，他也认识到倭寇中确实有一部分是完全从事劫掠活动的，朝廷对这样一些贼寇要坚决打击。但数年来由于朝廷在派将领剿除倭寇时号令不一，事权不专，往往失利。严嵩推荐赵文华、胡宗宪等督师平倭，赋予他们专事权，以免受地方官掣肘。赵文华、胡宗宪等又先后网罗了一批将才，如戚继光、俞大猷、谭纶等人。嘉靖三十五年（1556）八月，浙江最大的倭寇首领徐海被杀，所部也被全歼，倭寇受到重创。嘉靖三十八年（1559）十一月，胡宗宪采取剿抚兼施的策略，将倭寇头子王直擒杀。至此，浙江一带的倭寇基本被肃清，倭寇活动的重点转移到闽粤沿海，但势力已大不如前了。
在平定浙江的倭寇之乱后，赵文华、胡宗宪等加官晋爵，但他们没有忘记严嵩对他们的提拔之恩，因而把部分功劳归到了严嵩身上。赵文华对皇帝说，他和胡宗宪采取的策略，都是严嵩教给他们的。嘉靖皇帝因此嘉奖严嵩，令其兼领尚书俸禄。
