2月上旬，在遂川大汾遭到敌三面袭击，红五军指战员英勇奋战，冲破了敌人的堵截，但遭受重大损失，后勤机关、伤员等均未冲破敌人的防线，这时全军只剩下500余人。在此极端险恶的情况下，邓萍与彭德怀形影不离，参与和组织了重大的军事指挥行动。此后他们率部转辗至赣南大余县，后又进至兴国、于都。在艰苦的转战中，部队连续作战，伤亡不断增加，在一次作战中邓萍也负了重伤。3月，部队攻下于都城之后，转移到城南三四十里的小密一带。在这里，邓萍和20多名重伤员被安置养伤。
四、把握战机克敌制胜
1930年6月10日前后，遵照中共中央和中央军委的指示，红五军在鄂东南的刘仁八召开军委扩大会议，会议传达了6月初召开的全国红军代表会议和全国苏维埃区域代表大会的精神，根据两会精神，决定以红军为基础成立中国工农红军第三军团。由彭德怀任总指挥，滕代远任政治委员，年仅22岁的邓萍被任命为军团参谋长。
红三军团下辖等五、第八两个军，全军团近1万人。
红军第三军团的成立，对加强红军的建设，提高部队战斗力，推动湘鄂赣苏区的发展和巩固，为红军由以游击战为主向以运动战为主的战略转变创造了条件。成立后不久，红三军团即奉命投入了切断武昌至长沙铁路的作战。
6月15日，红三军团总指挥彭德怀、参谋长邓萍组织召开前线指挥部会议。会议对中央军委长江办事处关于湘鄂赣红军帮助鄂南与鄂东南地区暴动，切断武昌至长沙铁路和进攻武汉的指示，进行了认真的研究。