除了加强舰艇的攻击能力外，台军也不忘继续增强防空和反导能力，以对付“大陆持续增强的导弹威胁”。据台湾《自由时报》5日报道，台军在大台北周边地区已部署三处“爱国者”导弹阵地，并规划在岛内再新设四处更先进的“爱国者-3”阵地。报道称，陈水扁执政时期，台军为兼顾南北防卫需求，还承诺要在中南部都设立“爱国者”阵地，担负防卫大台中及大高雄的相关任务，并且公布中南部六处适合设置导弹阵地的概略位置。
