机上的目标瞄准系统采用的是全球定位辅助瞄准系统，它可将选定的目标锁定并放大4倍，极大地方便了机组人员对目标的识别和瞄准，从而大大提高了炸弹的命中精度。据美方透露，借助这种定位辅助瞄准系统，炸弹击中目标的误差通常小于6米。
B—2A还带有型号为APQ—50型的电子对抗系统。该系统既可为飞机提供雷达预警，又能迅速侦悉敌方雷达所处的方位坐标。飞机上的ZSR—62型主动式电子对抗系统能够快速、主动地对敌进行干扰和压制。
飞机上还有一些其它电子系统，比如，通信管理系统和驾驶舱内的各种显示系统，它们能够将所有传感器获取的信息及图像汇合并显示出来，供机组人员判断处理情况、与地面相关部门联络时使用。两名机组成员的座位前面，各设有4个15．2厘米大小的全彩色多功能显示屏，使情况显示一目了然。
载弹能力
武器装备
40,000 磅（18,000 千克）：以堆栈式炸弹挂架携带Mk82 500磅低阻力通用炸弹（总携带数为 80 枚）
27,000 磅（12,000 千克）：以堆栈式炸弹挂架携带750磅等级集束炸弹（总携带数为 36 枚）
16具旋转投射挂架（Rotary Launcher Assembly,RLA）：可携带2,000磅等级武器（如Mk84 2,000磅低阻力通用炸弹、GBU-31联合直接攻击弹药（Joint Direct Attack Munition,JDAM））或B-61及B-83核弹。
经过航电与装备性能提升后的B-2A可以携带AGM-154联合距外武器（Joint Standoff Weapon,JSOW）和GBU-28 5,000磅雷射导引炸弹；此外，也可以携带AGM-158联合空对地距外导弹（Joint Air-to-Surface Standoff Missile,JASSM）。
