为了隐身的需要，B—2A飞机的发动机进气口被放置到了机翼的上方，呈S状，可让入射进来的探测雷达彼经多次折射后，自然衰减，无法反射回去。发动机的喷嘴则深置于机翼之内，也成蜂巢状，使雷达波能进不能出。此外，发动机构件内还装有气流混合器，它能将流经机翼表面的冷空气导入发动机中，持续降低发动机室外层的温度。喷嘴部分呈宽扁状，使人在飞机的后方无法看到喷口。特别是由于采用了喷口温度调节技术，喷嘴部分的红外暴露信号大为减少，飞机的隐身性能大为增强。
机载系统
主要机载设备：休斯公司的AN/APQ-181低可截获性J波段攻击雷达（具有地形跟随着回避等21种使用模态），带GPS辅助功能的瞄准系统，TCN-250塔康系统，ⅥR-130A自动着陆系统，AN/APR-50雷达告警接收机以及ZSR-63防御辅助设备等。B—2A飞机上有许多先进的机载电子系统，如侦测、导航、瞄准、电子对抗等系统，它们各司其职，功能不凡。就侦测雷达系统而言，它对飞机通常起到“眼睛”的作用。B—2A上使用的是AN/APQ—181型雷达，为休斯公司制造，具有频谱较窄，信号不易被敌截收的优点。这种电子扫瞄式的相控阵雷达系统，内有2片雷达天线阵列，特点是不需外加旋转或摇摆式天线，只通过信号阵位的改变和组合，就可对不同角度和不同方位进行扫瞄。它的工作频率在12—18GHZ，旁波瓣极小，抗电子干扰的能力很强。工作模式共有21种，其中最为突出的是合成孔径雷达工作模式和反合成孔径雷达模式。前者主要用于扫瞄陆地地貌，可清晰地获取161公里距离内地表的雷达扫瞄图像，供飞机对地面目标轰炸时使用；后者则主要用于识别和捕捉海上目标，最远有效距离可达128公里。另外，这些工作模式还可让B—2A轰炸机使用地形匹配和地形规避技术，使其能贴地低空突入敌方空域去执行轰炸任务。
B—2A上还配有先进的NSS导航系统。该系统内安装有两种导航设备，一种是惯性导航单元，一种是NAS—27型天文导航单元。它们可分别为B—2A提供先进的自动导航和最常用的星座对位导航方式，双重确保飞行安全。
