巴丹守军的投降，震惊了华盛顿。考虑到弹尽粮绝的实际处境，当天，罗斯福总统亲自给温赖特将军发布新的指令，改变了以前战斗到底决不投降的命令，授权温赖特将军可根据实际战况和后勤供应状况，自行做出决定(无奈，美菲军队已经后援无望)。接着，日军以猛烈的炮火轰击科雷吉多尔岛，该岛的1.5万名美菲军依靠深沟高垒，凭险固守。经过炮击和轰炸，日军摧毁了岛上美军炮兵阵地，炸毁了供水设施，中断了用水供应。5月3日，温赖特将军通过无线电命令整个菲律宾的美菲部队停止抵抗，拒绝投降者以逃兵论处。尽管如此，棉兰老岛的3万多军队，只有7000人向日军投降，其余的人拒绝服从命令，带着武器上山打游击去了。
美菲联军投降后，投降人数约有78000人，这78000人成为日军的战俘后，开始遭日军强索财物，并开始押解到62英哩(约100公里)外的战俘营，路程以徒步行军为主，但整个行军过程除了初期给予少许的食物外(根据幸存者表示，仅给一次高尔夫球大小的米饭)，一路上不许战俘再有任何饮食，凡是企图找寻饮水与食物者，即被日军以刺刀或开枪处决，同时也驱赶、阻止当地的菲律宾人给予战俘食物与水，即便有若干侥幸者躲过日军眼线而偷喝到几口河水，也因河水已严重遭受污染，最后引发严重的腹泻、呕吐而死。如此，经过强行不吃不喝的赶路行军，最后虽抵达目标营地，但沿路上因饥渴而死(最初就是因为饥饿无济才选择投降)及遭日军刺死、枪杀者达15000人之多(这就是着名的死亡行军)。抵达战俘营后也并未摆脱死亡的威胁，由于日军虐待战俘，包括拷打折磨、逼迫苦力劳役、刻意让其挨饿等，如此在抵达营地的两个月内就又死去了两万多人。
温赖特将军降后被关押在我国的东北，日本投降后，麦克阿瑟特意派飞机去我国沈阳，来接刚走出战俘营的温赖特将军，出席在东京湾美军密苏里巡洋舰上举行的日本投降签字仪式。
