12月8日，紧随偷袭珍珠港事件之后，日军飞机连续对马尼拉附近美军的克拉克空军基地进行了狂轰滥炸，将机场上整齐排放的18架B—17飞机以及55架P—40式飞机炸得支离破碎。短短的数分钟，100余架美机就这样轻而易举地被击毁了。连续三天的空袭，日军基本上摧毁了麦克阿瑟的空军，美军亚洲舰队不得不仓皇南下逃往爪哇海。与此同时，日军于12月10日、11日、12日分别在阿帕里、维甘和黎牙实比登陆，占领前进机场，向马尼拉方向挺进。美菲联军根本挡不住日军的进攻。麦克阿瑟一无空军二无海军，只好放弃拒敌于海边的如意算盘，重新捡起他的前任制定的“桔色行动计划”。即在海岸阻击不利时，撤到马尼拉附近的巴丹半岛。12月24日，日军第16军先头部队1万余人向马尼拉挺进。美军车辆从四面八方涌向巴丹。12月26日，麦克阿瑟宣布，马尼拉为不设防城市。1942年1月2日，本间中将的部队以两路纵队进入马尼拉，庆祝了元旦。
巴丹半岛是一个只有25英里长、20英里宽的小半岛。麦克阿瑟将8万多美菲军集中在这里，准备同日军展开持久战。1月10日，本间中将指挥军队开始进攻巴丹。日军原以为，巴丹半岛最多只有2.5万名美菲军，炮声一响，他们一定会拔脚就跑。可是，战斗打响之后，美菲军不但没有“拔脚就跑”，反而向被惊雷般的炮火轰散了的日军猛扑过去，只用了48小时就把担任主攻的第65旅团歼灭了三分之二。本间中将不得不下令停止对巴丹的进攻。日本大本营对日军在菲律宾的攻势受阻颇感意外，不得不把国内惟一的总预备队第4师团派遣到菲律宾增援。3月初，在菲律宾作战的日军有1万人左右染上了疟疾、痢疾，只有3000人可以参加战斗。麦克阿瑟并不知道这一情况，他正在为自己部队有五分之四的兵员患上疟疾而焦虑。这时，美国政府为避免麦克阿瑟将军当日军俘虏，便命令他把军队交给温赖特中将指挥，派他前往澳大利亚，担任新成立的西南太平洋地区盟军司令部总司令。麦克阿瑟拒绝乘坐相对安全的潜艇，海军只好派鱼雷快艇将其送往菲南部的卡加延，在那里转乘B17“空中堡垒”重型轰炸机飞澳。
3月底，日本援军到达菲律宾。4月3日上午10点钟，日军开始对巴丹半岛发起总攻。在日军强烈的攻击下，饿得发慌的美菲军乱作一团，纷纷弃阵而逃，有的走小路，有的翻山越岭，有的则沿着海岸公路奔跑。4月8日，温赖特司令下令撤退。在日军的强大攻势下，只有海军少数官兵撤退到小小的科雷吉多尔岛。4月9日，爱德华·金少将率领7万余人的巴丹守军投降——这是美军历史上缴械投降的最庞大的一支队伍。并且这是违反命令的投降行动。麦克阿瑟将军在澳大利亚几次重申了战斗到底决不投降的命令，这个命令是根据美国总统、美军总司令罗斯福的指示。
