2005-2006年间美国太空侦察设备没有找到“元”级常规潜艇的任何踪迹。这一点可以理解，因为按照中国潜艇的建造策略，首艇通常应当在漫长时间内进行整整一系列试验。2007年9月21日的卫星图片表明，“元”级潜艇再次现身武汉造船厂。专家们认为，这是第二艘该型潜艇，也是第一艘量产型“元”级潜艇。2007年11月27日，武汉造船厂内再次出现两艘该型潜艇。专家们认为，这是第二艘和第三艘041型潜艇。随后它们出海进行了长时间的试验，因为在2009年的卫星图片上再没有发现任何一艘该型潜艇现身武汉造船厂。2010年12月7日，美国卫星记录了武汉造船厂内3艘常规潜艇的身影。2012年4月26日卫星数据分析表明，一艘“元”级潜艇已经建造完毕，离开武汉造船厂。分析师认为，该艇驶往了上海。在2012年11月的卫星图片上，武汉造船厂内没有任何新建的041型潜艇。但是在不久前的2013年3月14日，一艘潜艇现身上海长兴岛造船厂船坞内。有推测称，这可能是2011年完备的一艘潜艇，此次来上海是为了安装相关设备。
041型常规潜艇在两个造船厂现身的事实让专家们有理由认为，中国两家企业都在努力建造该型潜艇。根据媒体消息，除了武汉造船厂之外，上海江南造船厂也在进行“元”级潜艇的设备整合。这多少显得有点奇怪，因为武汉造船厂隶属主要整合北方地区造船企业的中国船舶重工集团公司，而上海江南造船厂隶属主要整合南方地区造船企业的中国船舶工业集团公司，两者存在一定的竞争关系。《汉和防务杂志》据此认为，今后这两大造船集团可能会合二为一。
