绿营对此反应强烈。民进党“立委”邱议莹21日称，林毅夫事件是几十年前的事情，如果“监察委员”真的认为他不是叛逃的话，早该提出调查和约询，而现在正值“监察委员”提名的敏感时刻，这个动作“显然是要做给马英九看的”。“台联党”21日称，马英九是想利用“军审法”回归司法之际，透过“监察院”向“法务部”施压，要求其做出对林毅夫有利的法律解释，让林毅夫回到台湾，“真正的原因，就是马英九想不费一兵一卒，促成终极统一”。《自由时报》也称，“监察院”此举是将手伸进司法，为林毅夫解套，“不排除背后来自马总统的意志”，但“投敌犯行牵涉到军人对国家忠诚的核心价值和国人生命财产安全，不允许有模糊空间”。
对于各种争议，“监察委员”叶耀鹏21日回应称，他对林案没有特定立场，此案完全是依法论法，但他不排除未来在调查报告中就林毅夫是否属于投敌罪的继续犯，要求大法官解释。他还说，若法律解读林毅夫属投敌继续犯，谁也不能插嘴，只是台湾仍将中国大陆认定为敌人，“却有这么多台商在大陆经商，现实上难免有矛盾，因此不排除申请大法官解释”。“监察委员”赵昌平称，林毅夫案从军法移交司法后，法律适用问题引起法学界及舆论界争论，“不能说约询他们来表示意见，就是干预司法”。《联合晚报》称，叶耀鹏、赵昌平2009年曾纠正“国防部”。当时纠正案文认为，“国防部”对林案多年来采取淡化消极的处理态度，且对“叛逃人员”的法律适用问题仍未定论，伤害“国军”威信并影响当事人权益。
针对林毅夫刑事追诉问题，大陆国台办新闻发言人马晓光日前表示，那是几十年前在两岸特殊的历史背景、特定的时空状态下发生的;在两岸关系和平发展的新形势下，希望台湾方面能够从人道主义角度考虑，早日同意林毅夫回台，“探亲、祭祖毕竟是人之常情”。
