孙科古稀之年决定返台，在人生道路上又一次作出非理智的选择，为其晚年写上了“拥蒋反共”的不光彩一笔，颇为世人惋惜。
10月30日，恰好是蒋介石的生日，孙科偕儿子孙治平在蒋经国、郑彦棼的陪同下，乘飞机专程飞往台南，晋见蒋介石。此时，蒋经国已在台党、政、军界站住了脚跟，蒋介石传子的基础已经奠定，这也是孙科受邀回台的原因之一。蒋介石与孙科可谓各自历尽劫波，加之两人都步入老年，故而相见甚欢。蒋邀孙共进午餐，并于餐后邀他共同游览风景区，又亲自送孙科回到行邸，给予孙科以极大的礼遇。尽管两人辈分不同，蒋介石应属同孙中山一辈的人物，而孙科则应属晚辈，但两人年龄相差只有5岁。
孙科返台定居不久即受聘为“总统府”资政，但这只不过是一个闲职，也就是说使孙科有一个领工资的去处。可久处静淡的环境使他又思动起来，因而往往借同学、朋友及旧僚属欢迎之际，发表讲演，阐述自己对国父孙中山三民主义的心得。因为孙科作为留学美国的第一流学府的学生，学养堪称素厚，加之又在海外漂泊十多年，竟对孙中山之旧三民主义别有一套见解，如他对孙中山所提出之人口政策、“土地涨价归公”问题诠释比较合情合理。至于对以“三大政策”为中心的新三民主义则弃之不顾，这不仅是他内心的政治理念所致，亦是台湾之政治情势所决定。
1967年9月，面对孙科久静思动以有新作为的心情，蒋介石考虑到其子蒋经国已在台湾党、政、军站稳了脚跟，顺利将政权交给第二代已无大碍，而让孙科出山可以增加名义上的合法与合理性，更何况孙科已近八十，去日无多，所以便提议孙科任“考试院”院长，后经“监察院”同意而接任“考试院”院长。对于此事，孙科在回忆录中替自己表白一番：“回台以前，自忖年华已高，本想不再从政，但因‘总统’之命，不敢不遵。而今反攻复国大业，凡为国民，皆有责任。接掌考院，亦所以尽绵薄，赎前愆，所以未便谦推辞，毅然受命。”