1989年11月23日，格鲁吉亚民族主义分子举行游行示威活动，反对南奥塞梯民族主义分裂活动。他们组织了5万多人，准备到南奥塞梯首府茨欣瓦利市集会，遭到了南奥塞梯民族主义者的反对，双方在茨欣瓦利市附近僵持了两昼夜，最终因军警的干预而解散。自此，在南奥塞梯自治州，分裂与反分裂势力开始了武装对抗。
1990年9月20日，南奥塞梯自治州宣布成立共和国。同年12月9日，选举了南奥塞梯共和国最高人民委员会。
1990年12月11日，格鲁吉亚最高人民委员会宣布，南奥塞梯共和国为非法，并决定取消南奥塞梯自治州，将其作为格鲁吉亚的一个普通行政区，同时还宣布茨欣瓦利市等南奥塞梯主要市区实行紧急状态。在南奥塞梯，武装冲突加剧。
1991年1月6日，格鲁吉亚政府向南奥塞梯调派部队，并对该地区进行了军事封锁。其结果造成大约13万南奥塞梯居民逃离了家园，其中10万人逃往北奥塞梯，其余逃向了格鲁吉亚。
1991年至1992年，在南奥塞梯地区，格鲁吉亚政府武装控制了茨欣瓦利市周围的制高点，猛烈的炮火造成市内重大的财产损失和人员伤亡。据南奥塞梯官方统计，1989年至1992年期间，武装冲突至少导致了该地区3000名和平居民死亡，另有300人失踪，超过4万人成为了难民。在战火中毁坏的村庄达上百个。即使这样，格鲁吉亚政府也没能控制住南奥塞梯地区。
1992年6月，格鲁吉亚总统和俄罗斯总统在索契举行会谈，并签署了《达戈梅斯协议》。协议规定，冲突各方立即停火，并成立由格鲁吉亚、南奥塞梯、北奥塞梯和俄罗斯四方组成的停火监督委员会。
1992年7月14日，由俄罗斯、奥塞梯、格鲁吉亚组成的维和部队进驻冲突地区。南奥塞梯事实上成为了独立的地区。
1992年1月19日，南奥塞梯就独立问题举行了全民公决，参加投票的民众中有98%赞成独立。1992年5月29日，南奥塞梯宣布独立，并通过了宪法，选举了议会。与此同时，格鲁吉亚政府再次声明，南奥塞梯只是格鲁吉亚的一个行政区--茨欣瓦利区。
