1939年春天，共产党在各个根据地都成立了锄奸部，发起了一个旨在清洗汉奸、特务的锄奸运动。冀中军区也成立了锄奸部，抓捕了熊大缜、门本忠、张方等技研社全部技术员，接着又把供给部、炸药厂、印刷所、卫生部、医院、电台、银行、学校、报社、商店等部门中平津来的所有知识分子通通抓了起来，总共有100多人，搞出了一起轰动一时的大特务汉奸案。
“首恶”自然是熊大缜，主要罪证则是一封密信。密信是从天津送到冀中军区供给部的一批TNT炸药里夹带的。内容是：“你派来的人我们已经见了，你们需要的东西，已送了几批。急需的物资，最好在秋收之前，由河运较方便。”信尾署名是：“天津党政军联合办事处”，锄奸部认为这是国民党在天津的特务机关。白纸黑字，铁证如山。而后来的调查证明，事实上它是一个国共合作的统战组织。当时是国共合作，这个组织帮助八路军，为抗日根据地运送炸药。这样一封密信却被当成了罪证!
当过东北军将领的吕正操司令员也在锄奸人员的怀疑之中，他明知被抓的是一群满腔热血、舍身为国的爱国者，却无力营救。
冀中抗日根据地一下子抓了这么多知识分子，远在延安的党中央震惊了，党中央派彭真和许建国等人到冀中复审。复审最后的结论是：逼供不足为凭，锄奸扩大化应予纠正。除熊大缜尚需进一步审查外，其余人员全部释放。
1939年夏天，日军对冀中根据地发起了更为疯狂的大“扫荡”，军区主力转移。审讯时被拷打受伤的熊大缜无法跟上队伍，锄奸部一名负责押解犯人的战士喝道：“磨蹭什么?想逃跑啊?”
熊大缜说：“别那么凶，好不好!”
锄奸部战士说：“对你这种汉奸特务，还用得着客气!”
熊大缜说：“我是冀中军区供给部部长，你手里的枪和子弹就是我造的。我怎么是汉奸特务?”