实际上，从哪一方面看，金日成也 不配担任朝鲜的最高领袖。1956年8月29日，朝鲜劳动党举行苏联、东欧归国报告会，亲苏派的朴昌玉和延安派的崔昌益等人公开向金日成挑战。
金日成回国后，得到了秘密报告，因此决意铲除“延安派”。同年8月29日，在朝鲜劳动党召开的中央委员会议上，苏联派的朴昌玉和延安派的崔昌益等人对金日成的领导方 法提出批评，但遭到了金日成为首的满洲游击队革命团体的反击，并给对手安上“反党分子”的帽子。
会议最终投票决定将朴昌玉和崔昌益开除出党，并将其逮捕。 延安派的商业部长尹金钦、职业总同盟委员会委员长戌辉当天即逃亡中国。之后，苏联第一副总理米高扬、中共国防部长彭德怀先后访问了朝鲜，均要求撤回对苏联 派和延安派的除名处分，是以在9月的中央全会上，崔昌益和朴昌玉又被恢复了中央委员身份。他们联合要求金日成停止对他们的迫害，但金日成无动于衷。
1960年代初期亡命韩国的前朝鲜副总理助理吴基完见证了“延安派”发难及失败的全过程：“延安派”的一位成员在朝鲜中央会议上刚一发言，立刻遭到金日成 游击队派一哄而上的高声谩骂以至于无法继续发言，会场乱作一团。其他“延安派”连发言的机会都没有， 实际上金日成的卧底已经洞悉了“延安派”的意图，因此 金日成迅即反扑，把涉及的“延安派”成员全部开除出党。
1956年年底，朝鲜劳动党开始换发党证(实际就是清党)。1958年3月3日至6日，在朝鲜劳动党第一次代表会议上，金日成公布了有关延安派阴谋的详细材料，披露了党中央第一副委员长金枓奉支持崔昌益、朴昌玉“反党宗派集团”进行“阴谋活动的罪行”，决定将金枓奉、崔昌益、朴昌玉开除出党。
一些“延安派”主要人物被判处死刑，其他一些人逃到了中国。经过一场轰轰烈烈的清洗运动后，到了1958年3月，朝鲜劳动党第一次代表大会上，金日成将这 一连串事件形容为一大胜利，从此，以其为主体的游击队派独占了朝鲜的领导地位。据统计，到1961年9月，四次代表大会选举出的85名中央委员中，原来三 次代表大会选举出的71名中央委员连任者只有28人，而其余43人中大部分是遭清洗的“延安派”和亲苏派。
金日成还在朝鲜全境开展思想整肃，后来解密的苏 联内部文件记录了金日成的清洗过程：在一个月内，有两千多人遭到整肃，其中4百多人以反对朝鲜政治体制的名义被公开枪杀。然而，金日成并没有放过那些逃到中国的“延安派”人物，而是追杀到中国， 找中共要人。最终，在苏联和中共的劝说下，金日成同意放过这些人，但条件是中共将在朝鲜的驻军撤走。中国大陆这才有了前述撤军的公告。而金日成亦逐渐在朝鲜树立起了自己的权威，成为了共产极权下的又一个独裁者。