按照明初的规定，藩王的禄米，亲王一年万石，但后来国家财政不堪重负，只好降低支付标准。但即便如此，嘉靖时代宗室禄米仍达853万石，超过全国财政收入的三分之一。按照原先的设计，南方省份向北京提供400万石的漕米，北方省份向边境军队提供800万石的军粮。而宗室禄米居然超过了军粮，严重破坏了财政安全。连养皇室成员都成了问题，况天下乎？其重要表现是导致军饷无法正常发放、地方受灾无法救济，前者导致军队哗变，后者导致流民遍野。另一方面，官方为了保证财政安全又加重税费征收，这又导致农民反抗。财政问题引发社会不稳定，致使社会发展陷入恶性循环，最终病入膏肓，到了无法挽救的地步，明王朝在内外交困之下焉有不亡之理？
基于明代的教训，解决皇室财政，让其独立于国家财政之外，避免其对国家财政安全造成损害，是清代统治者要考虑的重大问题。清朝解决这一问题的办法，就是成立了内务府，其职责就是用来专门管理皇室财政，与主管国家公共财政的户部分灶吃饭，各自保持相对的独立，互不干涉。户部通常只需每年向内务府拨10万两银子，作为皇帝的花销。其他情况下，皇帝无权要求户部向其拨钱，为了保持花钱有度、节俭爱民的“仁君”形象，皇帝一般也不会主动向户部提出此类要求。
内务府与户部分灶吃饭的制度，对清代财政的正常运转发挥了重要作用。一直到太平天国起义之前，清政府的财政一直保持着相对稳定的状态，各项收支运转也都比较正常。但是，这并不意味着财政方面关系已经完全理顺，实际上仍然内含诸多问题。其中一个比较突出的问题是皇帝自己造成的，因为皇帝不便向户部伸手，他的个人花销受到了约束，只能想别的办法来弥补。
清代皇帝想了很多招数，其中一个办法，就是让地方督抚大员交“议罚银”，所得除少数特例外，均“解交内务府充公”，汇入内务府财政。“议罚银”少则万两，通常三万两上下，最多的一例，是乾隆五十九年（1794年），两淮盐政全德被议罚交银达到了38.4万两。
另一个办法是特派内务府人员主管盐政和税关，从商人那里榨取钱财。从清代皇帝的思维来看，农业是“本”，商业是“末”，为了保持社会稳定，不能随便加重农民的负担，但向商人伸手，关系不大。所以，清代征收盐税和关税比较多的地方，大多是皇帝自己特派内务府包衣（满清入关以前投靠的汉人）去管理。比如盐税，是两淮最多，那么两淮盐政肯定是内务府人员—比如曹雪芹的祖父曹寅曾担任这一职位，而曹家就是包衣。关税方面，以粤海关最多，那么粤海关监督在乾隆时代对外贸易额增长较快之后，就一直是内务府人员来充当。
清代皇帝特派内务府人员出任征收商业税收较多的重要职位，目的之一就是通过非正式财政的渠道为内务府补血。内务府的奴才们在为内务府财政捞钱的同时，当然也不忘自己发财，这导致了商人负担的加重、商业秩序的混乱，以及商人与官方的冲突。特别是粤海关的捞钱做法，屡屡引发中英矛盾，对鸦片战争的爆发有着不可忽视的影响。
