有些人担心高校学科审批取消后，会对高校产生影响，由于原来已经申请成功的学科由国家的资金支持，这下取消后对未申请到的高校不公平，特别是对还未申请的高校来说，他们用什么方法来证明他们自己在各个高校中的地位?原来已经申请到学科的高校，他们的国家补助资金是否还要继续申领下去?这些问题在目前来看是个问题，但不是大问题，只要协调好，总会解决。而取消学科审批是国家简政放权的重大举措，不可能因为一个项目的问题而停滞下来，再说取消高校学科审批对高校来说也是一件好事，何乐而不为?
有专家指出，“通过这次多项审批权的下放和取消，中央已经明确释放了信号，未来，政府会把不属于教育行政部门的权力全部交给大学，从而激发学校的办学活力，让教育回归教育，学术回归学术。这次国家重点学科审批的取消，只是教育去行政化的开始，接下来在条件成熟时，招生计划审批权、考试组织权、学位授予权等也将逐步归还大学，从而真正实现管办评分离，大学真正做到自主办学。可试问，有朝一日当自主权真正掌握在高校手中时，有多少高校已经为此做好了充分的准备?”
