令“瓦良格”号购买者没料到的是，经过旅途的折腾，当这艘船抵达大连的时候，平添了500万美元的意外开支。
在这一过程中，政府发现创律公司的资金来源存疑。经调查发现，创律购买“瓦良格”的款项是从国有的华夏银行贷的，但这笔贷款并没有合法手续。于是，创律公司被要求还款，在其无力还款的情况下，“瓦良格”被收归国有。
对于此事，还有另外一个版本。张序三说，“瓦良格”抵达大连后，徐增平曾经找到已退休在家的自己，表示只要军方想要，愿意原价卖给海军。张序三不敢做主，建议他去问问船舶第七研究院。
“瓦良格”抵达大连后，相关方曾为如何处理它发生争执。有关部门担心此举会带来外交风险，对购买“瓦良格”颇有意见，一些其他的机构还曾建议将“瓦良格”拆成废钢铁。一直在航母问题上孜孜以求的军方有关部门认为这样做太可惜了，“将其改建成一艘训练舰也好”。于是，一个关于改建“瓦良格”号的报告报了上去。
这一等又是3年，经过风吹雨打的“瓦良格”号仍然只是一个锈迹斑斑的钢铁空壳。
2005年，改造报告终于被批了下来。4月26日早上，“瓦良格”在大批拖轮的护航下，被缓缓地拖进了不远处大连造船厂第一工场2003年竣工的30万吨级船坞，开始了大改装过程……
船坞内，附着在“瓦良格”舰底厚厚的海洋生物被彻底清理，全舰表面喷涂防腐材料，螺旋桨、舵面等部件被检修一新。2005年8月，焕然一新的“瓦良格”重新出现在码头，舰身涂装了中国海军水面舰艇常用的浅灰蓝色，水线下由原来的铁红色防锈漆变成黑色防锈材料。到了12月，“瓦良格”的涂装基本完成。
