魏忠贤总揽朝内外一切大权，人称“九千岁”，还有人称他“九千九百九十九岁”，和“万岁”只差一岁。朝中官吏多投魏门。魏阉门下文臣崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕五人时人号为五虎。武臣田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，时人号为五彪。尚书周应秋，太仆寺少卿曹钦程等，时人号为十狗。此外又有十孩儿、四十孙的名号。自此内阁、六部至四方总督、巡抚，皆为魏忠贤死党。
魏忠贤诬陷熊廷弼贿赂杨涟、左光斗、魏大中，并大兴冤狱。东林首领杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等六人被逮捕下狱。左光斗被五日一审，裸体受拶、夹、棍等刑，不能跪起，平卧堂下受讯，死于狱中。左光斗、魏大中被打死后均体无完肤，杨涟死状最为惨烈，土囊压身，铁钉贯耳，仅用血衣裹置在棺中。史载杨涟被押途中都城士民数万，拥道号泣。野史中记述，锦衣卫用尖刀剜出了杨涟喉骨送给了魏忠贤看，魏忠贤把那段喉骨烧成了灰，用烧酒伴着吞了下去。六人皆死，时称“六君子”。熊廷弼弃市，传首九边。各地东林讲学书院被毁，不附魏忠贤者，均被指为东林党，被夺官者达三百余人，下狱处死及流放边地者数十人。东厂和锦衣卫的缇骑四出，有人议论魏忠贤奸恶即被处死，甚至割舌剥皮。
浙江巡抚潘汝桢为讨好魏忠贤，奏请在西湖为魏忠贤建生祠。魏忠贤当即矫旨嘉奖。遂在西湖上岳飞祠不远处，创建魏忠贤祠宇，气象辉煌，比岳飞祠壮丽数倍。各地纷纷效尤，不到一年，魏忠贤的生祠几遍天下。“一祠之费，多者数十万，少者数万，剥民财，侵公帑，伐树木无算。”各祠斗巧竞工，所供魏忠贤的塑像，多用沉香木雕成，冠用冕旒，五官四肢，宛转如活人。腹中的肺腑，全用金玉珠宝妆成。髻上插四时香花。传说有一个祠中头像稍大，不能戴冠，性急的匠人把头削小。一个阉人抱头大哭，罚令匠人长跪了三日三夜。活着的人享受人间香火，真可谓空前绝后了。《坚瓠集》记载，当时一个巡抚在其为魏所立之生祠上题联：“至圣至神，中乾坤而立极;允文允武，并日月以常新。”极尽阿谀之能事。天启七年，国子监生陆万龄说：“孔子做春秋，忠贤做要典;孔子诛少正卯，忠贤诛东林。”请在国学西为魏忠贤立祠，与孔子并尊。国子监司业林钎看了觉得太不像话，未敢上报，结果被削籍。
内外的章奏，称魏忠贤为厂臣，不得指名。内阁拟旨，竟将“朕与厂臣”联名并称，俨然以皇帝自居。大学士黄立极以尧舜之言暗劝熹宗让位魏忠贤。
左都御史周应秋善烹饪，每逢魏忠贤之侄魏良卿经过，就进猪蹄留饮，魏良卿大欢，时号“煨蹄总宪”。他时刻想讨好魏忠贤，有一天，魏忠贤无意中说：“江南人怎么那样爱粥啊?”周应秋误以为魏忠贤在问他“为什么江南人爱竹子”，因为魏忠贤讨厌竹子，于是马上写信给儿子，迅速将自己家里的竹林砍尽。
张皇后深恨客氏与魏忠贤，熹宗生平不喜女色，与后妃不过淡淡相交，对张皇后没有特别嫌疑，所以客氏与魏忠贤屡有谗言，熹宗始终不睬。厚载门外有匿名揭帖，列魏忠贤逆状，涉及阉党七十余人，魏忠贤趁机诬陷张皇后父国纪与中宫勾连，谋害厂臣。熹宗不很相信，私下让张国纪改过自新。张国纪知为魏忠贤所嫉，飘然回籍去了。