中国对此自然不能坐视不理。1987年3月，联合国教科文组织政府间海洋学委员会第14次会议决定，由中国在南沙群岛建立第74号海洋观测站。次年2月，中国的施工队伍在海军的护送下前往永暑礁修建海洋观测站。越南海军闻讯后派出三艘舰艇前来阻挠。双方在赤瓜礁展开激战，结果越军两艘舰艇被击沉，一艘遭重创，40多人被俘。中国乘势收复了永暑礁、华阳礁、东门礁、南薰礁、渚碧礁、赤瓜礁。而越南在此后又侵占南沙另外几个岛礁，使其最终侵占的南沙岛礁数量达到29个。
菲侵占仁爱礁“吃相”难看
1995年，中国派出400万吨级的“向阳红14号”科学考察船满载考察人员、仪器和设备，离开码头，出珠江口，乘风破浪来到美济礁，在上面设立渔船避风设施。2月，菲律宾政府闻讯后气急败坏地向中国抗议。然而此时，中国已经在美济礁上修建了，3座2代高脚屋，这种高脚屋本身已经具备了基木的防守功能。
知道中国已经在美济礁站稳脚跟，恼恨异常的菲律宾于1995年3月底出动海军，把中国在五方礁、仙蛾礁、信义礁、半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志全部炸毁。菲方甚至出动海军巡逻艇，在飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船;拘留了船上62名渔民，指控他们“非法进入菲律宾专属经济区捕鱼”，“非法破坏海洋自然环境”。此后，菲律宾军队又多次炸毁中国在南沙设立的主权碑和界标。1999年，菲律宾以“军舰搁浅”为名，用一艘军舰在仁爱礁坐滩，此后在军舰上修了一些小型设施充作高脚屋，占领仁爱礁。
