利益冲突的存在并不影响同盟的建立，但可能会影响到同盟的稳定性。作为中苏条约前期谈判的结果，中国收回了本该属于自己的主权和利益，而苏联将在两年之内失去在太平洋的出海口和不冻港，从而不得不放弃斯大林通过第二次世界大战实现的远东战略的基点以及在东北的种种经济利益。为了弥补这些损失，苏联在后期谈判中不仅要求允许苏方在战争状态下无偿使用中长铁路运兵，而且提出不得让第三国势力进入东北和新疆地区，还在苏联专家的待遇、汇率及其他经济贸易谈判中斤斤计较。
不过，斯大林为此所采取的更重要的措施不是在中苏谈判之中，而是在中苏谈判之外。为了保证苏联战后远东战略得以继续实施，斯大林试图在旅顺之外另行寻找一个出海口和不冻港，这个地点就选择在朝鲜半岛。于是，就在1月28日苏方表示接受中方关于中长铁路、大连和旅顺港的协定方案之后两天，斯大林决定邀请金日成秘密访问莫斯科，商谈他苦苦追求已久的军事计划。此前，斯大林完全同意毛泽东的主张，即首先解决中共攻占台湾的问题，以后再帮助金日成解决朝鲜问题，还答应帮助中共建立海军和空军，并提供飞机和军舰。现在不同了，斯大林背着毛泽东在4月10-25日与金日成举行了秘密会谈，确定了在朝鲜半岛采取军事行动的基本原则，直到5月中旬才将这一决定通知毛泽东。
斯大林1月30日突然做出的这个重大决定，无疑为即将签字的中苏同盟条约蒙上了一层阴影，它不仅改变了朝鲜半岛的命运，也对中共进攻台湾的计划产生了重要影响。中苏条约谈判的结果，一方面导致美国对华政策发生重大逆转--国家安全委员会第68号文件提出的“全面遏制”原则，构成了美国重新确定对华和对台政策的理论基础。另一方面也改变了苏联对外军事援助的方向。此前，为了阻止朝鲜半岛的武装冲突，莫斯科一直限制对平壤的武器供应。现在，苏联的武器装备开始大规模地运往朝鲜半岛。与此同时，本来答应援助中共的飞机、军舰却迟迟不能到货，尽管周恩来不断发电催促，甚至讲明中共进攻舟山、金门和台湾的时间表，莫斯科仍无动于衷。可以认为，中共解放台湾战役的计划在朝鲜战争爆发之前已成泡影，这不能不说是斯大林对毛泽东的报复，也显示出莫斯科对中苏同盟条约的漠视。