口供书主要内容是东条英机为自己和日本军国主义辩护，他在口供书中说：日本并没有预先计划对英美发动战争;发动太平洋战争是迫不得已的自卫行为，除了战争已无别的选择;推行大东亚共荣圈是根据亚洲各民族意愿做出的，不是侵略，是解放;至于掠夺这些被侵略国家的资源，虐待这些国家的人民是战争的需要;所谓“军阀”是不存在的;天皇对于开战没有责任;日本的战争没有违反国际法，做梦也没有想到由战胜者进行审判。东条英机的口供书立即遭到国内外的批判、攻击。美国的《纽约时报》斥责东条的自卫战争是强盗理论。
敏感话题：天皇为何免予起诉?
在远东国际军事法庭审理过程中，日本天皇裕仁的确是一个法庭无法绕开的焦点人物。但是，在韦伯直接讯问东条英机的第二天，远东国际法庭开庭后，韦伯正式宣布，远东国际军事法庭不起诉日本裕仁天皇，至于在前一天晚上，究竟发生了什么事情，从现存的史料中无法找到准确答案。
但远东国际军事法庭从一开始就确定了一个方针，那就是，不起诉日本天皇裕仁，这是得到美国政府支持的，所以，法庭检察方面和辩护方面通常都在这个问题上保持一致，即对于裕仁天皇的评价不置一词。
作为首席检察官的季楠和作为远东国际军事法庭庭长的韦伯，就个人的政治观点，主张要把日本天皇推上历史审判台，这从他们陆陆续续发表的谈话里可以清晰地看出来。有研究日本史的学者推测，季楠和韦伯就是故意在审判进行到最关键的时刻，把矛头引向日本天皇，但他们也知道，如果继续下去，将得不到美国政府的任何支持，所以也就及时收场了。
美国研究者戴维·贝尔加米尼根据各种史料分析了当时的各方立场。韦伯经常在法官室里举行的庭议中指出，木户内大臣的日记表明，在珍珠港事件前八天，裕仁拒绝了他弟弟高松宫最后一次向他提出的重新考虑进攻计划的请求。裕仁之所以这样，是因为他已经从参谋本部的首脑们那里得到保证，即日本有战胜的希望，或起码可以由此而谈判一项有利于日本的和平条件。通过不同的证词，韦伯获知，裕仁曾详细地复审并批准攻击珍珠港的计划，而且早在攻击之前就凭自己的意志签署了必要的宣战诏书。韦伯还获知，在堪培拉的本国政府已经退一步承认了美国检察团有权选择需要审判的人。就季楠而论，他把美国的信誉押在一项并无真凭实据的前提上：在日本，除了站在被告席上的一小撮之外，其他任何人对战争都不负重大责任。
季楠向报界做了他曾多次做过的说明：“经过彻底调查，没有可资利用的证据指控天皇参与了阴谋。”韦伯对此做出反应，他向自己的记者们透露说，“早在决定哪些人应该接受审判和哪些人不应该接受审判时，就业已决定了不审判天皇。至于这合理与否，无疑是一个见解问题，如果坚持国家首脑应为大臣们的行为负责的原则，那么，起码他应该接受审讯”。
当审讯渐进尾声，必然要求宣判被告绞刑、徒刑或无罪释放的时刻日益逼近时，季楠感到越来越难以坚持他的立场。1947年12月，东条英机为自己进行辩护。“尽管他甘心充当替罪羊，但是，从投降以来，他遭受的诽谤实在令人不堪忍受。”报章报道了天皇本人诬陷东条违抗御旨。日报报刊的社论作者们称东条为懦夫，因为他用手枪而不是用短剑自杀，而又自杀未遂。东条的家属被人当成了麻风病人，而且手头拮据。两个月前，他的兄弟因为在高架铁路上偷了一袋米而被捕。
