布拉顿上校作证起初使检察官们变得鸦雀无声，没有人进行反驳。但是，检察官们很快就找到了反击的目标：那就是，无论如何，日本驻美国大使递交那份电报的时间是在日军偷袭珍珠港1小时零10分钟以后。而且，在日本联合舰队偷袭珍珠港4小时后，日本大本营才通过电台宣布，“帝国陆海军于今天凌晨于西太平洋与英美军进入了战争状态”。华盛顿时间晚上9点40分，日本电台播发了日本天皇裕仁的宣战诏书。
季楠接着突然就日本舰队准备攻击珍珠港天皇是否知道对东条英机进行质问。东条英机试图回避，但季楠并不打算放手。
季楠问：“1941年12月发动战争问题是天皇的态度和你自己的态度。你已经在法庭上说过，日本天皇爱和平，这对吗?”东条说：“当然对。”
季楠又问：“那么你还说，日本臣民谁都不会不听天皇的命令，这对吗?”东条说：“我说的是我作为一个国民的感情，这和天皇的责任不是一个问题。”
季楠问：“但你实际上不是对美、英、荷开战了吗?”东条说：“我的内阁决定了战争。”
季楠问：“那场战争不打不行，裕仁天皇的意思是打吗?”
东条停顿了一下，说，“也许意思正相反，总之事实上是在我的建议，统帅部其他负责人的建议下，天皇勉强同意了。而且天皇爱好和平，在最后一刻仍抱着和平希望”。
这时候，法庭的气氛突然非常紧张起来，日本天皇是否应该承担战争责任的问题突然间公开在众目睽睽的法庭上。
1948年1月7日上午，韦伯开始代表法官亲自讯问作为证人的东条英机。韦伯突然问道：“是谁最后就开战问题向天皇进言的?证人之外是谁向天皇建议对英美开战的?”东条英机紧张地歪了歪脑袋：“我与日军总参谋总长杉山元和军令部总长永野修身最后去见天皇。我和两总长说，为了保证日本生存，简单地说，除了战争之外，没有别的活路。于是天皇接受了建议。”
但是，东条英机所说的杉山元已经自杀了，永野修身1947年1月病死在巢鸭监狱了，惟一知道真相的，只有东条英机。但他说的就是事情本来的真相吗?韦伯在提出这个尖锐而又敏感地问题之后，突然终止了讯问。这成为远东国际军事法庭进行中一个非常引人注目的话题。于是，世界各地的舆论纷纷做出猜测，认为盟军政策将要出现重大变化，日本天皇有可能受到审判。
就在几天前的1947年12月26日下午，东条英机的辩护人清濑一郎穿着高腰军靴为被告做开头陈述时仍旧十分嚣张。法庭传唤东条英机，在例行公事的宣誓后，东条英机开始读他的口供书。这份口供书长达220页，四易其稿，弥漫着一股日本记者形容的“东条腔调”。口供书读了三天，除了开头部分是他自己读之外，其他的由美国辩护律师布鲁韦特(Blewett)代为宣读。
辩护律师清濑是一个著名的日本反动政客。在战前日本法西斯军阀统治时期，他是一个相当重要的帮凶。参加审判的中国法官梅汝感慨道：“这样一个人竟被允许在远东法庭当辩护律师是令人惊异的。这种事情在纽伦堡法庭是不可能发生的;在那里，所有被告辩护律师都要经过严格的审查，凡是与希特勒纳粹匪帮有任何严重瓜葛的人都不准担任辩护律师的职务。可是远东法庭忽视了这一点，造成了律师们气焰嚣张的恶劣现象。”东条英机的美国辩护人是布鲁韦特，他是哥伦比亚大学校董之一，他是一个富有资财的美国律师，在东京法庭的美国辩护人中是资望最深的一个。
