美国起诉律师约翰·W。菲赫利曾负责在狱中侦讯东条，了解他这个案子的复杂原委。在1947年的最后一天，辩护律师洛根在直询东条时提出了这样一个问题：“就你所知，有没有这样的情况，即木户男爵在行动上或献策时曾违背天皇要求和平的意愿?”东条回答道：“就我所知，从来就没有过这种情况，我还想进一步说明，没有任何一个日本臣民能违逆天皇陛下的旨意，日本政府或日本国的高级官员尤其如此。”
季楠把他那位正在家休假的王牌证人田中隆吉召回来，命令他马上到巢鸭监狱去见东条。由于东条不肯让步，田中又赶到皇宫，向木户的前秘书宫长、现任天皇顾问松平康昌说明了情况。松平旋即与他的同僚们进行磋商，经裕仁批准，给在押的木户送去了信息。木户的牢房跟东条的牢房毗邻，他开始跟东条谈判。他们慢吞吞地在院子里散步，木户开门见山地告知东条，并许诺说，东条家属的处境将得到改善。而东条只得听命，因为这位身材矮小、眼睛近视的木户即使身陷囹圄，也是裕仁的代表。经过两天的谈话，东条让步了。当他再次出庭继续受季楠反讯时，他在诱导下承认，他曾说服天皇发动战争，并可能因此而迫使裕仁违心地行事。
美国研究者对东条处境的评价是：战败的东条——他被捕时企图自杀未遂——在他的被告伙伴中起到了榜样作用，他又得到了日本人的尊敬。他注意听他的起诉人说的每一句话;抓住美国起诉律师无数的思想方面的矛盾，政治上的伪善，明显的错误事实。他的这种精神和指桑骂槐的机智，连首席检察官季楠也不得不表示钦佩。他可能是参与许多暴行的官僚共谋犯，但不可否认他是一个自尊自重和镇定自若的人。他出于爱国心而承担替罪羊的角色，使自己的家属感到不胜负担之苦时，他毫无顾忌地暗示——他下令搞的罪行没有一项不经过裕仁授权。裕仁保证务必要改善东条家属的抚养后不久，东条撤销了他的暗示，再肩负他不胜负担的义务，一直挑到他上绞刑架。
1948年1月7日对东条英机的审讯结束。远东国际军事法庭最终认定，被告东条英机自1937年出任日本关东军参谋长以后，他在共同阴谋策划者的几乎所有活动中，作为主谋之一，他与其他被告串通共谋实施了犯罪。法庭判定他有罪。
疯狂岛国的“马背首相”
就单纯的个人权力而言，东条英机和阿道夫·希特勒以及本尼托·墨索里尼并不在一个等级上，他只不过是一个幽灵集团的领导性代表人物。这个集团由高级陆军军官组成，控制着日本政府。
对于同盟国来说，东条英机是恶魔的化身。西方的媒体和盟军的宣传部门说他是“邪恶的、危险的、残酷的”，是“一个带着东方神秘主义色彩的希特勒”。对他的描述多种多样，如“子弹头东条”、“鹰钩鼻加秃脑袋东条”;还有的把他说成“陆军中的希姆莱”。
事实上东条是一个十分普通的人，他的显赫之处主要在于家世。他的祖父是一位武士，而他的父亲在还是一个少年时，尽管作为武士的传统特权被取消了，但参加了士官培训学校，1937年后，他以中将的军衔从日本皇家陆军退役。东条本人从15岁开始了他的军事生涯，然后缓慢但平稳地不断升迁，沿着一条并不令人惊异的道路直到陆军大臣的位置，然后又被陆军选中，于1941年担任首相。由于每天早上都要习惯性地骑马外出，巡视东京市民的战时工作，东条英机很快就得到了一个“马背首相”的雅号。
