其一，在《马关条约》的谈判中，日方一再压迫缩短台湾交割的时间。清政府代表李鸿章多次表示，台湾交割牵涉很多，事件纷繁，换约后需6个月才可交割清楚，并要求日方派人与台湾巡抚会商，办理交割手续。但日本政府代表伊藤博文强势拒绝，要求大大缩短交割期限。最后《马关条约》规定，换约后两个月内双方各派大员完成交接手续。交割时间既紧，又将熟悉台湾事务的台湾官员排除在外，这就为日本的操作提供了空间。
其二，清政府交接代表李经方在交接谈判中，曾经提请日方注意，“所谓台湾附属岛屿，其岛屿之名称，有无列举于目录中之必要？因为在和平条约中，澎湖列岛之区域，已经纬度明定有案，但关于台湾所属岛屿并未明定其区域”。此时，李经方尚未预想到其他问题，他主要是担心，如果台湾附属岛屿不明确列举，日后中日有在福建沿海岛屿的归属问题上发生纠纷的可能。但日方不赞成采取列举法，日方代表水野遵表示，如果采取列记岛屿名称的办法，难免会出现遗漏或碰到无名岛之事，“若有脱漏者，或无名岛之类，将致不属于任何政府之所领。乃为不合理之一点。”水野遵保证，以后日本政府绝不会将福建省附近的岛屿主张为台湾所属岛屿，并称李经方的担心“自属杞忧”。这样，台湾及附属岛屿的割让便采取了极为模糊的表述。
日本政府在处理钓鱼岛问题上的“高明”之处在于：它利用清军战败之际，在马关条约订立之前悄悄将钓鱼岛编入冲绳；在公开的条约中，又采用割让“台湾全岛及所有附属岛屿”的模糊表述，使清政府官员产生台湾所有附属岛屿已尽数割让的理解，使钓鱼岛的主权转移不引起任何人的关注。这样，中国无从发现和抗议，而日本日后也可以声称，钓鱼岛非因马关条约而割取。
