10月9日，山县有朋致函外务卿井上馨征求意见。10月21日，井上馨复函山县有朋，指出：“清国已命其岛名”，“近日清国报纸等风传我政府欲占台湾近旁之清国所属岛屿云云，对我国心怀猜疑，并屡次呼吁清政府予以关注。此刻若有公然建立国标等举措，必遭清国疑忌，故当前宜仅限于实地调查及详细报告其港湾形状、有无可待日后开发之土地物产等，而建国标及着手开发等，可待他日见机而作”。井上馨还特意强调，“此次调查之事恐均不刊载官报及报纸为宜”。
11月24日，西村捨三再次致函山县有朋请求指示：“提议在该岛建立国标一事，与清国不无关系，万一发生矛盾冲突，如何处理至关重要，请给予具体指示。”对此，井上馨和山县有朋的共同意见是，“建立国标，关乎清国，情况复杂，目前似不宜建立。”
由此可知，无论是冲绳县还是日本中央政府，他们对在钓鱼岛建立国标都有着一份担心。这种担心表明，他们对于钓鱼岛与中国的关系其实是心知肚明的。正是基于这一知晓，出于暂不想引起两国间纠纷的考虑，日本未立即采取单方面措施。正如井上馨所说，日本在等待着一个“见机而作”的有利时机。这一等待经历了9年时间。
1894年4月14日，日本内务省指令冲绳县就以下内容进行调查：“该岛港湾之形状；未来有无物产及土地开拓的可能；旧记口碑等有无记载我国所属之证据及其与宫古、八重山岛之历史关系。”日本政府显然希望能发掘出哪怕是一星半点有利于其占据钓鱼岛的证据。
