由于《马关条约》表述上的含糊性，台湾附属岛屿是否包括钓鱼岛，成为日方拿来作文章的问题。显而易见，既然钓鱼岛此前在中国政府管辖之下，而日本在订约前数月悄悄占有钓鱼岛并未告知中方，钓鱼岛当然包括在被割让的台湾附属岛屿中。无疑，钓鱼岛应归还中国，中国对日宣战、《开罗宣言》、《波茨坦公告》及日本对实施《波茨坦公告》的承诺构成了一个必须归还的清楚的逻辑链条。而日方称钓鱼岛在1895年1月已编入冲绳领土，同年4月签署的《马关条约》不包括钓鱼岛。日方这一主张是否就意味着日本可以合法占有钓鱼岛呢？其实不然。笔者以为，即使对《马关条约》作一片面解释，日本利用中国战败之际无力它顾之时窃取钓鱼岛，也是无可改变的事实。钓鱼岛纳入日本版图与甲午战争的关联，是一个明明白白的客观事实，当时的日本人也是承认这一关联的。曾申请开发钓鱼岛的古贺辰四郎便这样写道，“正值明治27、28年战役终局，皇国大捷，其结果台湾岛归入帝国版图，尖阁列岛亦为我所属”。可见，钓鱼岛的主权变化完全是日本阴谋窃取在先，又通过不平等条约强占在后的结果。
因此，无论对《马关条约》作何种解释，我们都可以这样说：台湾及澎湖列岛系日本通过《马关条约》明文割取，而钓鱼岛或是通过《马关条约》的含糊表述而窃取，或是通过日本单方面的内阁决议而窃取，而无论是哪一种，日本系通过甲午战争而窃取钓鱼岛的事实是无可争议的。结论只有一个：日本企图继续占有钓鱼岛不存在任何合法性。
