遗憾的是，冲绳县于5月12日回复内务省，表示“没有关于该岛之旧时记录文书以及显示属我国领有的文字或口头传说的证据。” 从内务省指令调查到冲绳县作出回复，经历了近一个月的时间。可以想见，冲绳县的回复决不可能是草率作出的，必是经过了仔细的调查考证。无奈，实在找不出任何的文字或哪怕是口头的传说，只得如实上报。仅此一则史料，便可明确断定，在此前漫长的历史时期内，钓鱼岛与琉球实在是扯不上任何关系。
同年7月，日本发动甲午战争。数月间，清军不断败退，至年底时败局已定。利用中日处于战争状态且中国军队已呈败势的有利时机，日本政府决定将钓鱼岛纳入其版图一事提上议事日程，因为此时已完全不必担心清政府的反应了。12月27日，日本内务大臣野村靖致函外务大臣陆奥宗光，判断“今昔形势已殊”，提议日本内阁会议讨论在钓鱼岛建立国标、将其纳入日本版图一事。1895年1月14日，日本内阁通过秘密决议，将钓鱼岛“编入”冲绳县管辖。
值得注意的是，甲午战后，日本强迫中国签订了《马关条约》，割取了“台湾全岛及所有附属各岛屿”。但在《马关条约》及相关附件中，并未明确台湾附属各岛究竟包括那些岛屿，既没有具体明列各附属岛名的割让清单，也没有标识割让各岛的地图。在一般的领土问题的谈判中，对割让领土的明确列举及地图标识是不可或缺的文件。但《马关条约》只是一句笼统的割让“台湾全岛及所有附属各岛屿”。这是一个很奇特的现象。
采用如此笼统而含糊的表述，可以说是日本政府一手造成的。
