有关这艘“神秘潜艇”的身份，日本媒体猜测不断。NHK电视台称，目前防卫省正在加紧调查国籍不明潜艇的航行路径和国籍，同时还将确认该潜艇与本月2日和12日夜出现在日本连接海域的潜艇之间的关系。报道还称，早在2004年，中国海军的潜艇就在日本石垣岛海域“入侵”了日本领海。此外在2010年，中方潜艇还曾和驱逐舰一起通过冲绳本岛与宫古岛之间的公海。记者注意到，在NHK网站的这条报道下面，还列出了一条5月7日的题为“中国海军舰艇曾在连接海域航行”的消息。
日本《产经新闻》在标题中发出疑问：“在冲绳久米岛南部连接水域航行的潜艇难道是中国的吗？”该报称，防卫省有关人士表示，13日发现的这艘不明潜艇“看上去是中国的潜艇”，目前正在详细分析其航行目的。
此外，《读卖新闻》称，13日上午，日本海上保安本部发现3艘中国海监船相继进入钓鱼岛附近海域。这是继本月5日以来，中国政府船只再次“入侵”日本领海。报道称，到目前为止，中国政府船只今年已累计24天“入侵”日本领海，超过了2012年的23天。
在着力强调中国威胁的同时，日本一些政客最近连续否定日军二战时侵略的言论也引起外界担心。据共同社等报道，在日本自民党政调会长高市早苗12日表示质疑日本反省侵略历史的“村山谈话”后，日本内阁官房长官菅义伟13日在记者会上紧急“灭火”，重申日本政府对村山谈话的立场没有改变，并表示高市否认日本侵略的言论属于个人见解，他已经通过电话向高市传达了日本政府将继承历代内阁历史认识的意向。