韩国外交通商部部高级官员表示：“美国国会的报告只是罗列了中国书中主张的内容，韩国的主张报告中也有反映，因此这件事应该不是问题”。该官员还解释称，美国国会的报告是给议员们议政的参考资料，题目是“中国人历史中如何看待朝鲜半岛的领土权”，是很多学者一起编纂而成的。韩国外交通商部已经于上周把东北亚历史财团编写的韩国对该问题的主张发给美国国会，美国国会调查局已经答应在报告中充分表达韩国的主张。韩国《朝鲜日报》称，韩国政府相关人士对外表示，美国国会的文件并不代表美国政府或国会同意上述主张。
虽然有政府的澄清，部分韩国媒体还是发泄不满。韩联社29日动员各路专家对此进行批驳，并批评本国政府“消极应对”。针对美国国会文件中出现“歪曲历史”的主张，韩国历史学者们表示了“极大担忧”，因为担心中国通过“东北工程”歪曲历史的主张有可能成为国际公认的说法。首尔大学教授柳镛泰称：“美国的资料在全世界都具有权威性，因此即使是介绍资料，也会具有重大意义。韩国政府只是用嘴说还远远不够。”又石大学教授赵法锺称：“美国国会似乎要了解东北亚历史和文化背景以应对东北亚局势变化，对此韩国必须积极应对，严防给中国提供任何口实。”
辽宁社科院半岛问题专家吕超29日在接受《环球时报》采访时表示，历史有历史的客观性，维持历史的真实性是科学的态度，高句丽的历史状况可以有不同说法。应该把历史和当今的政治分开，就历史谈历史。高句丽存续期间，属于中国中央王朝的上述民族政权，美国引用的是这种主流的看法。美国这么说不一定就是向着中国，中国也不会拿这个报告说事，而韩国有些大惊小怪。