顺治七年十二月，皇父摄政王多尔衮病死，顺治皇帝亲政。不久以后，多尔衮的封谥被追夺，阿济格被赐死，两白旗群龙无首，一蹶不振。曾遭到压制的两黄旗贵族及以济尔哈朗为代表的蓝旗势力又重掌要职。顺治八年正月，以“鳌拜巴图鲁、巴哈为议政大臣”;闰二月，“以军功升三等侯鳌拜巴图鲁为一等侯”;八月，鳌拜以谭泰“营私及党附睿亲王”，提出控告，杀掉谭泰。顺治九年二月，鳌拜认为自己军功甚多，但前些年对他待遇不公，因而向顺治帝提出申诉。顺治帝特意批复吏部：“这所议是。鳌拜着优升一等侯兼一拖沙喇哈番为二等公”。三月，顺治帝颁布谕旨，命诸王大臣会审旧附多尔衮、陷害鳌拜等人的巩阿岱、锡翰、冷僧机、席讷布库等，并将他们全部处死，“家产籍没”。这一升一黜，说明了顺治八年以后清初政局的重大变化，标志着八旗内部、特别是上三旗与下五旗之间实力对比的转折，但这其中的矛盾与斗争却远远没有结束。
从此以后，鳌拜作为内大臣之一，常在顺治帝左右，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部，将太后旨意传达给皇帝、祭奠故世王公妃嫔，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，协助会审案狱等等，俨然成为一个能文能武的干臣!而正是由于他始终不渝地效命于福临，顺治帝对其也十分信任。顺治十三年鳌拜旧伤复发，卧床不起，“上亲临视之”。而皇太后有病，鳌拜则“昼夜勤劳，食息不暇”。顺治帝也感到“深可嘉悦”，将鳌拜等“俱加太傅兼太子太傅”。
就在鳌拜日益得到皇帝信任，地位不断上升之时，顺治十八年正月丁巳夜子刻，福临病死于养心殿。从此，无论是清皇朝，还是处于末世的中国封建社会都开始了一个新的历史时期，鳌拜个人的历史也进入了一个全新的阶段。
有所作为的辅政大臣
福临去世后，其子玄烨即位，开始了在中国历史以及世界历史上都享有盛名的康熙帝统治时期。但是，玄烨登基时不过是个年甫七龄的幼童，还没有控制大局的能力，管理国家的重担便落到顺治帝遗诏指定、孝庄太后博尔济吉特氏暗中赞助的四位辅臣的肩上。
顺治帝遗诏云：“特命内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅臣。
伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其勉矢忠荩，保翊冲主，佐理政务”尽管鳌拜在四辅臣中名列最后，但史学家们却往往称此时期为“鳌拜辅政时期”，究其原因，实与鳌拜个人的独掌辅政大权有关。在四位辅臣中间，索尼能文能武，顺治年间总管内务府，是四朝元老，地位很高;苏克萨哈和遏必隆在皇太极晚年才初露头角，能力有限。鳌拜虽然名列最末，但实际地位却与索尼不相上下。输政初期，“索尼老病，鳌拜多专政，与苏克萨哈不相能，遏必隆不能自异”。在这种情况下，鳌拜的作用绝不像他的辅臣次序一样是最微小的，恰好相反，而是日益增大。从另一个角度说，这四位辅臣都是上三旗的大臣，他们除了旗与旗之间的内部争斗之外，在辅政期间实行的政策基本上是一致的，也就是说，鳌拜的主张基本上也同样代表着其他辅臣的意见。这样，从顺治十八年到康熙八年五月的辅政时期的历史，实际也就是鳌拜辅政的历史。
