在努尔哈赤统治时期，鳌拜尚未崭露头角。鳌拜的名字在官修《清实录》中首次出现，是在皇太极天聪六年(1632)，鳌拜等人“自明界捉生还。获蒙古人五、汉人三十、牲畜三十二。上命即以所获赏之”。到天聪八年(1634)二月，鳌拜已成为“管护军大臣”，具体职衔是护军参领，即皇太极所领镶黄旗的巴牙喇甲喇章京，所以崇德元年(1636)皇太极征朝鲜时，称鳌拜为“内直甲喇章京”。
在崇德初年皇太极第二次征朝鲜的战争中，鳌拜显示出他勇猛无畏的性格，并从此获得了“巴图鲁”(勇士)的称号。就在攻下朝鲜京城之后，皇太极派硕托、孔有德、耿仲明、尚可喜等率军攻打皮岛。皮岛在鸭绿江口外，距朝鲜本土及中国大陆都很近，是一个战略要地，明将毛文龙曾据守此岛，使皇太极经常感受到威胁，因而对它十分重视，认为“此岛可比大城”。但硕托等进攻不利，皇太极又派阿济格前去增援。渡海之前，鳌拜向阿济格表示：“我等若不得此岛，必不来见王面!”于是他大呼奋力而上，“冒矢石直前搏战”，然后举火为号，引来后续部队，攻下了皮岛。皇太极对鳌拜的表现十分高兴，提升他为三等梅勒章京，赐号“巴图鲁”，加世袭六次，准再袭十二次。
以后，鳌拜在松锦之战以及入关后统一全国的战争中屡立战功。崇德六年初围困锦州及攻克锦州外城时，鳌拜先后率护军击败明朝杏山、松山援军，并徒步攻克明军的步军营，因而从三等梅勒章京升为一等梅勒章京，准再袭十次。崇德六年八月，松山明军突围，被鳌拜率部击退。接着，鳌拜又追击吴三桂、唐通、白广恩等明军各部，获得大胜。于是，崇德七年(1642)六月，鳌拜又升为护军统领，即巴牙喇纛章京，实际相当于都统，即固山额真之职，成为八旗将领中具有较高地位的人物。
皇太极取得松锦大捷后，奠定了入关夺取全国统治权的基础。这年底，他派阿巴泰率兵入关，经河北直趋山东，杀掉明鲁王，掳获大批人口牲畜。鳌拜也随军作战，他曾在北京和山东三败明军，攻克四城，在密云附近大败范志完和吴三桂的军队。他以此次战功，再次被提升为三等昂邦章京。顺治二年(1645)，清朝为夺取全国政权叙功时，鳌拜一跃而成为一等昂邦章京。此后，鳌拜便加入了阿济格进攻李自成的军队，直下湖广一带。顺治三年正月，鳌拜随肃王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。在汉中打败贺珍以后，得知张献忠率军已到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率先头部队前往狙击，结果两军相遇，“鳌拜等奋击，大破之，斩献忠于阵”。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入四川、贵州等地，屠杀大西政权的大小官员一千多人，基本上消灭了四川一带的大西军。
入关前后的鳌拜，战功赫赫，升迁频频，似乎一帆风顺。但是，这次鳌拜镇压农民军却不但没有获得升官的机会，反而因为一些微不足道的小事而被借口“停其赏赉”，还险些丢掉了性命。其根本原因就在于，他作为两黄旗的中坚力量，在满洲贵族的内部争斗之中，采取了反对与之抗衡的白旗势力的立场，这就必然遭到当时身为摄政王的多尔衮的打击。
