鳌拜辅政时期，对汉族地主阶级分子的打击，当以顺治十八年“江南奏销案”为代表(同年稍早还有“哭庙案”和后来的“明史案”、“逆诗案”，均不予涉及)。如前所述，顺治年间清统治者与江南地主阶级之间的矛盾较深，这一方面是因为民族矛盾激化所导致的汉族士绅的反抗及不合作态度遭到清统治者的仇恨;另一方面是因为清统治者在南北党争中支持北人，排挤南方官绅，引起后者不满;此外，江南士绅“仍明花分诡寄之弊”，规避赋役的情况又十分严重，所以清政府不仅通过“科场案”、“通海案”等从政治上打击江南士绅，还下令清查江南无锡等县“乡绅举贡之豪强者包揽钱粮，隐混抗官，多占地亩，不纳租税，反行挟制有司”的问题，从经济上与豪强地主争夺赋税，以供军需。“奏销案”就是在这样的背景下发生的。顺治十八年三月，鳌拜等谕户部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳，地方官瞻徇情面，不尽法追比..。如仍前抗粮，从重治罪，地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”在苏、松、常、镇四府及溧阳一县，“不问大僚，不分多寡，在籍绅衿按名黜革，现任缙绅概行降调”。结果查出“未完钱粮文武绅衿共一万三千五百一十七名，应照例议处，衙役人等二百五十四名，应严提究拟”。江南名士，如吴梅村、徐元文、彭孙遹等皆牵连入案。昆山叶方霭为顺治乙亥科一甲第三名进士，“适欠折银一厘，亦被左迁”，时有“探花不值一文钱”之谣。
“奏销案”对江南汉族地主的打击是很大的，但纵观其来龙去脉，与其说这是出自清统治者狭隘的民族观念，不如说是当时政治、经济形势的需要，是顺治朝打击南方官绅政策的继续，很难把这算作鳌拜时期“重满轻汉”的表现。尽管“奏销案”牵连过多，打击过重，但毕竟在一定程度上弥补了明末农民起义较少触动江浙地主而造成的明末积弊犹存的缺陷，有利于巩固清政府刚刚建立的统治秩序。
鳌拜很注意吏治整顿问题。针对晚明遗留下来的弊政，鳌拜等进行了一些整顿和改革，来提高行政效率和官员的办事能力，清除官场恶习。顺治十八年二月，他们借口“凡事皆遵太祖、太宗时定制行”，革除内官十三衙门，“内官俱永不用”，为有清一代避免宦官干政肃清了道路。
辅政半月后，鳌拜等以皇帝名义诏谕各官：“朕以冲龄践阼，初理万几，所赖尔大小臣工，同心协力，矢效赞襄”。次日，兵部尚书兼都察院左都御史阿思哈就提出对巡按的十项要求，对能够“恪遵上谕，洁己爱民，奖廉去贫，兴利除害..又能大破情面，纠察地方恶宦劣衿者”分别升迁;能“谨慎奉法，察吏安民者仍留原任”;“行事碌碌，无实政及民者”降调外用;而“徇情贪贿”者要革职治罪。奏上之后，御批：“这所议各款，务须恪遵力行，不得视为虚文，着通行严饬。”为了提高行政效率，顺治十八年三月，鳌拜等要求“进奉本章，关系政务，应切实陈奏..事情正理，明白敷陈，不得用泛泛文词”，规定本章“不得逾三百字”。数月后，又因各部门回复奏章时往往拖延，而“各部事务虽巨细不同，于国政民情均有关系，理宜速结”，规定了完结事务的时限，“如仍前含糊迟缓，任意迁延，治罪不贷”。对各督抚奉命查处事件也按地方距京师的远近不同分为四类，制定限期，“违限者按年月处分”。后来还多次重申，“部院官员办理之事，皆关国政..如仍前因循草率，以至壅积者治罪”。
鳌拜等认识到，“民生之安危，由于吏治之清浊。吏治之清浊，全在督抚”。因此对各地督抚是否清正称职十分注意。康熙四年(1665)三月，曾谕有关各部门严查督抚在地方的劣政，诸如私征强派，威逼驿站官役多派乘马支应，携带家人至任所“入兵丁数内食粮”，纵容奸徒恶棍扰乱正常贸易等，并下令对此严行禁止。同年十二月，鳌拜等又指斥督抚公然受贿，下令对他们“从重治罪”。康熙五年，“四大臣欲每省差大臣二员，设立衙门于督抚之旁，以廉督抚”。虽因方法不妥而未行，但却反映了鳌拜等整肃地方吏治的决心。
