由于经济问题是当时政府面临的大事，因此鳌拜等命“今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，必待钱粮完解无欠，方许题请开复升转”，并“定直隶各省巡抚以下、州县以上征催钱粮未完分数处分例”。康熙二年，又由“户部题定征收地丁钱粮总作十分考成则例”。此外，鳌拜等仍以劝垦荒地之多寡对地方官员加以奖惩，如河南总督刘清泰、巡抚张自德、偏源巡抚周召南、湖广巡抚刘兆麒等，先后以劝垦荒地功被加尚书、侍郎衔。对“垦地后复荒者”、“荒地捏报垦熟者”、“督抚降级罚俸、道府降级调用，州县等官革职”，以解决垦荒中出现的弊病。在此基础上，鳌拜等下令各部院长官“俱着自行陈奏”功过，又下令对现任督抚加以甄别，结果康熙元年有十一位督抚留任，一人解任，一人休致，一人以原官致仕，一人着降一级调用。为减少行政开支，康熙四年及五年把六科满汉给事中由十二员减少到四员;康熙六年将各省布政使二人裁撤一人;同年十一月考察军政后，将贪酷、不谨、罢软、年老、有疾、才力不及、浮躁等官共五百六十三人“处分如例”;康熙七年(1668)四月，“裁直隶各省大小衙门吏攒承差等役三千八百四十九名”;七月，“甄别才力不及满汉官二十七员”，分别降革。而另一方面，鳌拜等对地方官吏“不论满洲、汉军、汉人，应拣选贤能推用”，“遇有紧要员缺，着不论资俸，将才能之员选择补用”，并将熟悉民间疾苦，“才能夙着”的地方官擢为科道言官，令其“据实指陈，有裨政治”。这种裁撤冗吏、罢免不职、不拘资历、任人以才的做法，显然有利于吏治的整顿。康熙元年，为简化官吏考核制度，鳌拜等曾停止京察大计，“俱着三年考满”，并定出考满规则。康熙四年，又停止考满，恢复京察，定每六年考察官员一次。这样的来回变化，也无非说明辅臣对吏治的重视。
当然，在封建社会，特别是在其末世，政府机器中的许多弊病已积久难除，统治者的良好愿望也并不一定能收到好的客观效果，鳌拜辅政时期亦不能例外。因此，康熙六年熊赐履对当时弊病的指摘也定有事实根据。但并不能因此而否定鳌拜在整顿吏治方面的努力，特别是康熙、雍正时继续执行了这些措施，为“康乾之治”创造了有利条件，就更不能掩没鳌拜辅政时期在这方面的贡献了。
鳌拜在辅政时期，采取一系列措施，努力恢复经济。在鼓励垦荒方面，除了前述以垦荒对官吏实行考成外，政府也鼓励百姓承种荒地。顺治十八年六月，针对顺治朝以来所以无人承种荒地是因为“耕熟后往往有人认业，兴起讼端”的情况，鳌拜等听从河南御史刘源浚的建议，“先给帖文，以杜争端”，并“除三年起科之外，如河工、供兵等项差役，给复十年，以示宽大之政”。在国家财政拮据的情况下，政府还发给湖广等地穷民及河南等数省投诚官兵牛种银两，给他们创造条件垦种田地，务农为生，这在以前是少有的。清初四川经济残破，鳌拜等亦接受官员建议，准许各地册籍有名无业或无名无业之人，由官府措处盘费，“差官接来安插”，并提出“无论本省、外省文武官员，有能招民三十家入川、安插成都各州县者，量与纪录一次;有能招民六十家者，量与纪录二次;或至百家者，不论俸满，即准升转”。这对恢复四川的农业经济意义甚大。
为了保证经济恢复，鳌拜等实行了“轻徭薄赋”政策，除了开垦荒地，三年起科之外，他们还十分注意蠲免。康熙三年山西太原府属十二州县旱灾严重，地方官至次年才行申报，并征收了当年的赋税。“上以地方官察报迟延，有失抚恤之道，下旨切责”，并准蠲免次年钱粮和发仓赈济。按清初例，灾十分者只蠲额赋十之三，但康熙四年山东济南等六府旱灾严重，政府就将全部钱粮豁免。数日后，鳌拜等又下令户部注意防止地方官乘蠲免之机“侵扣肥己”，“使小民不沾实惠”，并提出对犯有此罪的大小官员从重治罪，决不宽恕。此外还规定地方官在察看灾情时，“随带人役，务极减少，一切执事，尽行撤去”，切实保证蠲政的实效。据《清实录》的不完全统计，辅政八年中，除康熙三年六月下令将顺治十五年以前各项钱粮悉予蠲免这一次大规模蠲免外，政府进行了包括灾蠲、欠蠲在内的各类蠲免共一百七十四次，涉及十六个省的七八百个府州县卫。除频行蠲政之外，鳌拜等也主张严禁加派。顺治十八年七月，清廷因用兵等以致入不敷出，下令加派练饷，直到钱粮充足日为止。但由于地方凋敝，人民困苦，鳌拜等只得于当年十二月下令“急停，以舒民困”，“除顺治十八年已派外，康熙元年通行停止”。加派练饷无疑是一大恶政，但他看到有损于经济的恢复、人民的休息，便在数月后停止，这种及时纠偏的作法，比起明末统治者来显然要高明一些。
鳌拜辅政时期经济上的一个德政，就是实行“更名田”。康熙七年十月，“命查故明废藩田房，悉行变价，照民地征粮”。由于这些土地的一部分已在明末农民起义中为农民占有，清政府此举实际上就是向这些农民反攻倒算，也就必然遭到后者的激烈反对而无法实行。康熙八年三月，政府下令“着免其变价，撤回所差部员，将见在未变价田地，交与该督抚，给与原种之人，令其耕种，照常征粮”，并“将无人承种余田，招民开垦”，这就正式承认了农民在明末起义中获得的部分成果。
到顺治末年，统一全国和巩固统治的战争虽已近尾声，但军事行动毕竟还一直存在，对经济恢复也有一定影响，由于鳌拜等努力实行促进经济恢复的措施，这段时间的农业生产不但没有停滞倒退，而且有所恢复和发展。仍以《清实录》中数字为据：从顺治十八年到康熙七年，人丁共增加228575;土地共增加145322顷;征银共增加114838两，平均人丁年增长率为千分之一点七;平均土地年增长率为千分之三点六;平均税银年增长率为千分之零点六二，可见土地年增长率超过税收银年增长率四倍多，这当然有利于人民的休养生息，有利于经济的恢复。
