崇德八年(1643)八月，皇太极突然死去，由谁来继承皇位便成为满洲贵族面临的头等大事。但是，皇太极生前对于继承人并未作出安排，所以他之死便引起“诸王兄弟，相争为乱，窥伺神器”。当时势力最大、地位最高、最有资格继统者有三人：一是两黄旗系统的、皇太极的长子豪格;一是两白旗系统的、皇太极的弟弟睿亲王多尔衮;一是两红旗系统的、皇太极的哥哥礼亲王代善，其中尤以前两者的争夺最为激烈。顺治五年三月，贝子吞齐等讦告济尔哈朗罪行时曾提到：“当国忧时，图尔格、索尼、图赖、锡翰、巩阿岱、鳌拜、谭泰、塔瞻八人往肃王家中，言欲立肃王为君，以上为太子，私相计议。..肃王使何洛会、扬善谓郑王云：‘两旗大臣已定立我为君，尚须尔议’。”说明肃王豪格确是皇位的有力竞争者之一，而鳌拜等是其坚决的支持者。在顺治九年审讯多尔衮余党时也提到，“皇上即位时，英王、豫王跪劝睿王当即大位说：‘汝不即位，莫非畏两黄旗大臣乎?..我等亲戚咸愿王即大位也。’是以睿王于众人前亦述此言。”可见当时不仅多尔衮是争位的另一有力候选者，而且也表明两白旗与两黄旗在继位问题上针锋相对，互为寇仇。
在这场斗争中，鳌拜身为镶黄旗贵族、皇帝的护军头目，是坚决支持皇太极的儿子继承皇位的。皇太极在位时便对鳌拜很信任，有人曾对鳌拜比较专横提出意见，但皇太极却偏袒鳌拜。鳌拜则更是对皇太极忠心耿耿。崇德二年岳托曾派人于夜晚向皇太极进献马匹，鳌拜以“此暮夜就寝时，非献马时”为理由，说：“上已安寝，欲令惊动，秉烛观马耶?”加以挡驾。事后皇太极听说此事，颇为高兴，将献马一事作为“违法妄行”，“命法司分别议罪”。鳌拜忠于皇太极，自然希望由他的儿子即位，而两黄旗仍是“天子自将之旗”，地位较高，利益较大。这也是鳌拜等竭力支持豪格即位的原因之一。所以在这个关键时刻，鳌拜曾与图赖、索尼等六人“共立盟誓，愿生死一处”。在诸王大臣于崇政殿商议册立时，“两黄旗大臣盟于大清门，命两旗巴牙喇兵张弓挟矢，环立宫殿”，对会议施加武力威胁，而“索尼及巴图鲁鄂拜(即鳌拜)首言立皇子”。朝鲜国王的世子也记载：“帝之手下将领之辈，佩剑而前曰：‘吾等属食于帝，衣于帝，养育之恩，与天同大，若不立帝之子，则宁死从帝于地下而已。’”当时的形势确有剑拔弩张、一触即发之势。
多尔衮是一个素有大志而文武双全的人，在这样的关键时刻，他绝不是像他在日后向群臣所表白的那样，在“诸王、贝勒、大臣率属意于予，跪请予即尊位”的情况下，从内心深处“誓死不从”，这从他在皇太极时期的地位以及在他摄政时期的许多作为中可以一目了然。他之所以退而充当辅政王，扶持皇太极的幼子福临登基，则在于以鳌拜为骨干的两黄旗势力的激烈反对，害怕两者相争，削弱整个清国家的力量，影响入统中原的基业。1644 年清兵入关，打败了李自成永昌政权，占据了北京，进而统一全国，正是在多尔衮缓和内部矛盾、上下团结一心的基础上完成的。但是，以济尔哈朗、多尔衮为辅政王(后为摄政王)，福临继位为帝的暂时妥协，并不能彻底消除八旗内部敌对势力的矛盾。豪格对这样一种妥协就很不满，他在顺治元年四月曾说：“和硕睿亲王非有福人，乃有疾人也，其寿几何，而能终其事?设不竟终事，尔时以异姓之人主国政，可乎?”清朝迁都北京后，鳌拜与谭泰、图赖、锡翰、巩阿岱、索尼等两黄旗贵族依然在暗地里与多尔衮等作对，而多尔衮也一再打击和压制他们。顺治五年三月，“睿亲王多尔衮与豪格有夙隙..系豪格于狱”，最后豪格死于狱中。多尔衮又以吞齐等人的“讦告”，将济尔哈朗降为郡王，罚银五千两。鳌拜也以同盟拥立豪格，与郑王同谋，以及为豪格鸣冤叫屈等四大罪，落得个“免死赎身”的下场。顺治七年(1650)七月，多尔衮生病在家，他对前来探病的锡翰等人抱怨顺治帝不来看望他，又不准锡翰去奏报顺治帝。结果锡翰等还是请来了顺治帝，多尔衮十分生气，要杀锡翰，而鳌拜则因为“目睹锡翰等罪状，不即执鞫”，从一等精奇尼哈番降为一等阿思哈尼哈番。鳌拜遭到打击，许多黄旗大臣人人自危，有的向两边讨好，以图自保。巩阿岱、锡翰并逼鳌拜、索尼等“悔弃前誓”，但鳌拜家族仍不向多尔衮屈服，多尔衮恨恨地说，“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症?今索尼、鳌拜辈意向参差，难以容留。”便“将索尼遣发，鳌拜问罪”，并拆毁了图赖死后的享堂。锡翰等还建议说：“鳌拜、巴哈不宜留上左右，当..俱逐退，勿令近御”。
